2022/05/04 インストール手順修正
gtaftMは指定した遺伝子ファミリーをメタゲノムデータから探し出し、あらかじめ作成した系統樹に配置するためのツール。
HP
GraftM - How to get fast community profiles from metagenomes
manual
https://github.com/geronimp/graftM/wiki
インストール
condaとpipで導入できるが、次の依存ツールは別に導入されていなければならない。
依存
- OrfM v. >= 0.2.0
- HMMer v. >= 3.1b1
- fxtract
- pplacer v. >= 2.6.32
- Krona v. >= 2.4
- MAFFT v. >= 7.22
- DIAMOND v. >= 0.7.9
Gihtub
#conda(link)
mamba create -n graftm -y
conda activate graftm
mamba install -c bioconda graftm -y
#pip
pip install graftm #python2.7
> graftM
GraftM 0.13.1
Joel Boyd, Ben Woodcroft
GraftM is a tool for rapid, phylogenetically informed gene-centric
analysis of sequence data. The main 'graft' pipeline identifies short read
sequences with homology to genes of interest (16S rRNA or protein coding)
using Hidden Markov Models (HMMs), which are then placed into a
phylogenetic tree. The classification of sequences is inferred by their
placement relative to annotated reference sequences in the tree. For
protein coding genes, a 'best BLAST hit' style analysis can also be used.
A manuscript describing and benchmarking the tool is in preparation:
Boyd, J., Woodcroft B., Tyson, G. "GraftM: A tool for scalable,
phylogenetically informed classification of genes within metagenomes (in
preparation).
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Community profiling
graft -> Identify and phylogenetically classify sequences
belonging to a gene family in a metagenome.
expand_search -> Create a sample-specific HMM from an assembly or genome
set.
Gpkg creation
create -> Create a gene family specific graftm package (gpkg).
update -> Update an existing graftm packages with new sequences.
Utilities
tree -> Decorate or reroot phylogenetic trees for graft packages.
archive -> Compress or decompress a graftm package.
実行方法
入力配列データは、fasta (.fa) または fastqで、gzip (.fq.gz) にも対応している。タンパク質またはヌクレオチド配列が利用可能。スペースでファイルを区切るだけで、1回の実行で複数のデータセットを使用することができる。 GraftM データベース（リファレンス、HMMなどのデータベース）のパスを指定する必要がある。
GraftM graft --forward reads1.fa reads2.fa --graftM_package mcrA.gpkg
引用
追記
GraftM: a tool for scalable, phylogenetically informed classification of genes within metagenomes
Boyd JA, Woodcroft BJ, Tyson GW
Nucleic Acids Res. 2018 Jun 1;46(10):e59
GraftM - How to get fast community profiles from metagenomes
