web tool
細菌単離株の進化の背景を理解することは、幅広い研究への応用が期待される。しかし、正確な種の系統樹を作成することは依然として困難である。現在、種の同定には16S rDNAへの依存が一般的になっている。残念ながら、この普及している方法では、配列の保存…
膜輸送体は、細胞の分子組成やエネルギー状態を決定するチャネル、キャリア、ポンプ、group translocators、電子輸送体などの複雑なネットワークを形成する多様なタンパク質のグループを構成している(ref.1)。これらのタンパク質は、細胞内の全タンパク質の…
ハイスループット技術の開発により、ほとんどの真核生物のRNAにnon-canonicalなショートオープンリーディングフレーム（sORF）が存在することが明らかになった。これらは、種を超えて高度に保存されたユビキタスな遺伝的要素であり、多くの細胞プロセスに関…
2020 11/10 誤字修正 2022/02/16 論文引用 MonaGOは、遺伝子オントロジー（GO）エンリッチメント解析を実行し、結果を可視化するための直感的でインタラクティブな応答性の高いインターフェイスを提供する、新しいウェブベースの可視化システムである。MonaG…
多くのマイクロバイオーム研究では、リファレンスベースのoperational taxonomic unit （OTU）picking法を採用しているが、一般的には、完全長16S rRNA遺伝子のクラスタリングによって同定されたリファレンスOTUをカタログ化したデータベースに依存している…
同じパスウェイ、タンパク質複合体、または同じ環境条件で機能するタンパク質は、系統発生クレード全体で類似した配列保存パターンを示すことがある。特定のタンパク質複合体またはパスウェイをもはや必要としない種では、これらのタンパク質は、グループと…
葉緑体ゲノムの完全長配列は、種の進化の歴史に関する豊富な情報を提供している。次世代シークエンシング技術の進展に伴い、葉緑体ゲノムの完全配列の数は飛躍的に増加すると予想されており、ゲノム配列をアノテーションするための強力な計算機ツールが急務…
2021 10/1 論文引用 ハイスループットシーケンシングの進歩は、RNA-Seqトランスクリプトームデータの膨大な増加をもたらした。しかし、特定の組織、状態、単細胞生物、微生物群集での迅速な遺伝子発現プロファイリングが期待されているが、新たな計算上の課…
2020 10/25 追記 Phantasusは、視覚的でインタラクティブな遺伝子発現解析のためのウェブアプリケーションである。Phantasusは、ヒートマップの可視化と解析のためのWebベースのソフトウェアMorpheusをベースにしており、OpenCPU APIを介してR環境に統合され…
Connected papersは、研究者や応用科学者が自分の研究分野に関連する論文を見つけて探索するのに役立つ、ユニークで視覚的なツールである。 論文のグラフは、その類似性に応じて配置される。つまり、直接引用し合っていない論文でも、強くつながりがあると、…
異なる条件で得られたデータを定量的に比較することは、実験科学の重要な側面である。定量的比較のために最も広く使われている統計量はp値である。しかし、p値にはいくつかの欠点がある。定量的比較に関連する最も顕著な欠点は、p値が違いの大きさを伝えられ…
2022/04/26 追記 RプログラミングShinyパッケージを用いて開発されたWebベースのデータ解析・可視化ツールが研究者に提案されることが増えている。これらのツールは、様々な視点からデータを解析したり、インタラクティブな可視化を提供したりするのに便利で…
細菌の抗生物質耐性（AMR）遺伝子は、多くの場合プラスミド上に保持されており、これらのプラスミドは細菌間でAMR遺伝子を移行させることができる。分子疫学やリスク評価のためには、遺伝子が転写性の高いプラスミド上にあるのか、より安定した染色体上にあ…
全ゲノムショットガンシーケンスは、分類学的分類の再評価を推進し、シングルセルゲノミクスの出現は生物多様性に関する知識を大きく広げている(1)。これらすべての応用分野において、分類学的分類に関するオリジナルの文献を検索するよりも、配列データを直…
2020 9/6 追記 次世代シーケンシング（NGS）テクノロジーの急速な進歩により、ゲノムデータは近年大幅に成長している[ref.1、2]。一般的なアプリケーションには、de novoゲノムシーケンス;ゲノム変異、転写因子結合部位、クロマチン修飾、クロマチンアクセシ…
RNAシーケンシング（RNAseq）を用いた転写プロファイリングは、シングルセルから組織全体に至るまで、様々な文脈でのグローバルな遺伝子発現パターンを定量化するための強力な手法として登場した。このプロファイリング技術によって生成された膨大な量のデー…
Sberroら（2019）が行った最近の研究により、ヒトマイクロバイオーム内に存在するスモールタンパク質の広大な未踏空間が明らかになった。現在のところ、これらの小さなオープンリーディングフレーム（smORF）は既存のリファレンスゲノムではアノテーションさ…
2020 7/27 誤字修正 小麦のような倍数性の生物は、分子生物学の最も単純な手順さえも複雑にしている。農作物のゲノム配列に関する知識は急速に増加しているが、研究者の間では、すべての種の完全な全ゲノムを作成するまでにはまだ長い道のりがある。そのため…
あらゆる生物学的データは分類学的データと密接にリンクしており、いくつかのバイオインフォマティクス分析は目的を達成するために分類学的情報に依存している。メタゲノミクス、臨床法医学、その他の分野では、サンプル中に存在する生物を同定し、グループ…
多くの植物ゲノムは、高レベルのrepetitive sequencesを持っている。ハイスループットシーケンスリードを使用したこれらの複雑なゲノムのアセンブリは、依然として困難な作業である。これらのデータセットの repeat complexity を過小評価または無視すると、…
2020 7/2 誤字修正 2021 4/27 v5の論文リンク追加 2022 8/27追記 2024/04/21 v6論文追加 系統樹は、生物学やその他の科学分野において重要なツールであり、様々なデータタイプのコンテキスト化としても機能している。このことは、このような系統樹を作成する…
代謝遺伝子クラスター（MGC）は、特定の代謝パスウェイのゲノム上で共局在し、潜在的に共制御される遺伝子である。細菌のオペロンとは対照的に、それらは単一の転写ユニットの制御下にはない。 MGCは真菌ゲノムによく見られ、MGCは植物の例外としてのみ発生…
2021 1/15 ファイルサイズが大きいと受け付けないエラーが修正されたのを確認 ゲノム配列は何万もの微生物について利用可能である。これらの微生物のほとんどについては、分離された条件以外にその生理学についてはほとんど知られていない。また、酵母エキス…
信頼性の高い標準化されたゲノムアノテーションは、ゲノム配列データの系統的な比較解析に不可欠な前提条件である。これは、特に系統の再構成、ゲノムリアレンジメントのメカニズムの研究、配列変化の影響の調査に当てはまる。正確で偏りのないアノテーショ…
2020 6/19 説明追加 相同配列の解析では、マルチプルシーケンスアラインメント（MSA）の計算がボトルネックになっている。特にリボソームRNA（rRNA）のようなマーカー遺伝子の場合、数百万の配列がすでに公開されており、個々の研究で数十万の新しい配列を簡…
2023/07/12 追記 ウイルス性因子データベース（VFDB、http://www.mgc.ac.cn/VFs/）は、細菌の病原性を解読するための包括的なアーカイブとオンラインプラットフォームを研究者に提供することに専念している。ウイルス性因子（VF）の様々な組み合わせ、組織、…
IQ-TREEはTREE-PUZZLEの後継プログラムであり、大規模な系統樹データの最尤解析を行うための効率的で汎用性の高い系統樹ソフトウェアである。IQ-TREEは効率的にツリー空間を探索し、RAxMLやPhyMLよりも高い尤度を達成することが多い。IQ-TREEの他の重要な特…
データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…
2020 6/5 誤字修正 2020 6/8 追記 7つのハウスキーピング遺伝子に基づくレガシーMLST(multilocus sequence typing)は20年前に導入され(Maiden et al. 1998)、現在では多数の細菌病原体の特徴付けに日常的に使用されている(Jolley and Maiden 2014)。MLSTは、…
2020 5/14 フィーチャー => 観測値に変更 全ゲノムの非環状プロットは、全染色体に沿って配列されたゲノムデータを自然に表現したものである。現在のところ、非環状の全ゲノム図を作成するために設計された専用のグラフィカル・ユーザー・インターフェース（…
