macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

multiple sequence alignment (MSA)

プライマーを自動設計したり、プライマー全アニーリング部位を確認できる FastPCR

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、分子生物学の基本であり、核酸増幅に使用される最も重要な実験技術である。(一部略) 増幅反応を引き起こすための熱サイクリングに依存しない多くの等温増幅技術も開発されている。 そのような技術の1つは、鋳型DNAをオリ…

ゲノムのマルチプルアライメントを行う Mugsy

2019 6/10 インストール追記 Mugsyはnucmerを内部で動かし、all against allのペアワイズアライメントを行い、ゲノムサイズのマルチプルアライメントを可能にする方法論。論文では31のバクテリアゲノムを2時間以内に解析できたと記載されている。 公式サイ…

メガサイズのマルチプルアライメントや数千の配列のマルチプルアライメントが可能なFSA

2019 7/29 condaインストール、help追記 公式サイト http://fsa.sourceforge.net Q&A FSA Frequently Asked Questions ダウンロード sorceforge https://sourceforge.net/projects/fsa/ 解凍して、中に入りビルドする。 ./configuremakemake installfsa -h #…

近縁な何百~何千のバクテリアの系統解析を行うGubbins

2022 1/26 インストール手順変更 ハイスループット第二世代のDNAシーケンス技術が導入されて以来、細菌集団の系統力学を推定するために使用されるデータセットのサイズが非常に大きくなってきている。多くの系統学的手法は数百の細菌ゲノムに拡張可能である…

SNVをコールしたり、全ゲノムのマルチプルアライメントを行う Snippy

2021 11/16 condaのインストール追記、help更新 Snippyはバクテリアのゲノムのマルチプルアライメントを行なって、SNV、indelをコールするツール。バリアントに基づいた系統解析を行う時などに使うことができる。 公式ページ http://www.vicbioinformatics.c…

数百から数千のバクテリアゲノムを比較する Harvestスイート

2019 12/9 インストール更新 2020 5/31 インストール方法修正 2020 6/8 挿入文章変更、タイトル変更 2021 6/23 vcf input追記 現在、多くの微生物種について全ゲノム配列が利用可能になっているが、既存の全ゲノムアラインメント手法では、複数の配列を同時…

巨大なプロテインファミリーのマルチプルアライメントを行うFAMSA

FAMSAは大規模タンパク質ファミリーのマルチプルアライメントを可能にするアルゴリズムを持つ方法論。CPUの並列化に対応しており、数千-数十万のタンパク質ファミリーの高速なマルチプルアライメントが可能になっている。 論文中では、オーサーが定義したお…

マルチプルシーケンスアラインメントを行うMAFFT

2019 6/13 説明及びインストール追記 2019 6/21 コマンド微修正 2019 7/3 説明修正 2019 7/15 help追記 2019 9/29 twitter追加 2019 11/4 関連追加 2019 11/13 誤字修正 2020 4/15 タイトル修正 2020 5/30 link追加 MAFFT開発秘話。私が4回生で宮田研に加わ…

マルチプルアライメンントのトリミングツール trimAI

2020 5/14 help追記 2021 1/23 condaによるインストール追記 マルチプルアライメントを行うとアライメントがほとんどできない領域ができることがあるが、そういった領域は情報として利用するのが難しいため、一般的に除去しても問題にならない。trimAIはラー…

コード領域のアミノ酸配列を考えてマルチプルアライメントを行うMUCSE

塩基配列からコード領域のアミノ酸配列を予測してマルチプルアライメントを行う場合、従来はギャップやミスを補正せず全ての配列をアミノ酸に変換してアライメントを行なっていた。しかしこのような一義的に変換する方法だと、シーケンスエラーや擬遺伝子のs…

マルチプルアライメントを行う T-Coffee

T-Coffee(Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation)はマルチプルアライメントを行うツールである。始めに2つずつ配列を比較し、それから全部の配列を使いマルチプルアライメントを実行する。従来のclustalより高速に動作する…

配列のクラスタリングツール UCLUST

2019 9/29 help追加 2019 9/30 fastaへの変換コマンド追加 相同な配列をクラスタリングするツール。相同性の下限値を指定してランすると、閾値以上の相同性を持った塩基配列をまとめてくれる。CD-HIT-ESTより高速に動作するとされる。 ダウンロード (linux, …

DNA解析ソフト1 Snapgene

2018 10/26 追記 2019 4/22 プライマーの説明追加 2019 5/30 誤字修正 2019 7/1 追記 2020 1/6 リンク追加 2020 1/25 追記 2020 2/12 分かりにくい表現を修正 SnapGeneはプラスミドやゲノムの解析ソフトである。ビジュアルで見やすく表示する機能に特化して…

ゲノム比較 x 変異コール x ビューア を統合したGUI(CUI)ツール Mauve

mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…

blast解析からArtemis comparison tool 起動まで自動で行うラッパーツール

ローカルblastは通常genbankファイルを扱えない。そのため、ACTのようなツールでゲノム比較を行うためには以下のような面倒な流れを取る必要がある。 gbkファイルの入手。 ↓ fastaファイルの抽出(またはgenbankと同じfaファイルの入手) ↓ ローカルblast、…