macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

複数のアセンブラのコンティグをマージする Metassembler

2019 6/10 追記

2019 6/11 関連ツール追記

 

ゲノムアセンブリプロジェクトでは、通常、単一の最良のアセンブリを見つけるために複数のアルゴリズムを実行するが、それらのアセンブリには、未開発の場合は補完的な長所と短所がある。 本著者らは、ゲノムの複数のアセンブリを単一の優れた配列に併合するMetassemblerアルゴリズムを提示する。本著者はそれをAssemblathonコンペティションからの4つのゲノムに適用し、それが一貫してそして各々のアセンブリの連続性と品質を実質的に改善することを示す。 

 

Metassemblerは複数のアセンブルツールのcontigをマージし、他のツールの短所を補い合うことで(例えばOLCのアセンブルツールとde brujin graphのアセンブルツール)、より長いcontigを作るツール。アセンブルコンペティションのAssemblathonの1と2のデータを使い、N50が改善されたことを報告している。

 

 

PDFマニュアル

https://sourceforge.net/projects/metassembler/files/?source=navbar

 

インストール

cent OSにインストールした。

依存

  • MUMmer whole genome alignment package
  • bowtie2
  • samtools
  • python
  • perl
  • argparse
  • Statistics::Descriptive

perlのモジュールとpythonのモジュールがなければインストールしておく。

cpanm Statistics::Descriptive
pip install argparse

mummer、bowtie2も無ければbrewで導入しておく。

 

本体 SOurceForge

https://sourceforge.net/projects/metassembler/?source=typ_redirect

解凍して中に入りビルドする。

make install
cd bin/
./metassemble

$ metassemble

usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]

                   [--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]

metassemble: error: argument --conf is required

[uesaka@cyano meta1]$ metassemble -h

usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]

                   [--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]

 

Metassemble a set of input assemblies.

 

optional arguments:

  -h, --help            show this help message and exit

  --outd <out directory>

  --mgage <mail>        For each intermediate metassembly send an email to

                        <mail> when the merging step is done and the GAGE

                        evaluation tool can be run by the user. This will only

                        work if the Unix mail command is available and

                        functioning

  --dogage <ref path>   For each intermediate metassembly run the GAGE

                        evaluation tool using <ref path> as the reference.

 

required arguments:

  --conf <configuration file>

                        Path to configuration file. (Required)

bin/のパスを通しておく。

  

ラン

--テストラン--

configファイルを自動で作って解析される。

cd Metassembler/Sample/meta1/
sh Metassemble_script.sh

マージされたcontigはMetassembly/に保存される。 

 

 configファイルの詳細はPDFファイルで確認してください。

 

 

追記

Mixの方が簡単に動きます。 

 

引用

Metassembler: merging and optimizing de novo genome assemblies

Alejandro Hernandez Wences and Michael C. Schatz

Genome Biology 201516:207