2019 6/10 追記
2019 6/11 関連ツール追記
ゲノムアセンブリプロジェクトでは、通常、単一の最良のアセンブリを見つけるために複数のアルゴリズムを実行するが、それらのアセンブリには、未開発の場合は補完的な長所と短所がある。 本著者らは、ゲノムの複数のアセンブリを単一の優れた配列に併合するMetassemblerアルゴリズムを提示する。本著者はそれをAssemblathonコンペティションからの4つのゲノムに適用し、それが一貫してそして各々のアセンブリの連続性と品質を実質的に改善することを示す。
Metassemblerは複数のアセンブルツールのcontigをマージし、他のツールの短所を補い合うことで(例えばOLCのアセンブルツールとde brujin graphのアセンブルツール)、より長いcontigを作るツール。アセンブルコンペティションのAssemblathonの1と2のデータを使い、N50が改善されたことを報告している。
PDFマニュアル
https://sourceforge.net/projects/metassembler/files/?source=navbar
インストール
cent OSにインストールした。
依存
perlのモジュールとpythonのモジュールがなければインストールしておく。
cpanm Statistics::Descriptive
pip install argparse
mummer、bowtie2も無ければbrewで導入しておく。
本体 SOurceForge
https://sourceforge.net/projects/metassembler/?source=typ_redirect
解凍して中に入りビルドする。
make install
cd bin/
./metassemble
$ metassemble
usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]
[--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]
metassemble: error: argument --conf is required
[uesaka@cyano meta1]$ metassemble -h
usage: metassemble [-h] --conf <configuration file> [--outd <out directory>]
[--mgage <mail>] [--dogage <ref path>]
Metassemble a set of input assemblies.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--outd <out directory>
--mgage <mail> For each intermediate metassembly send an email to
<mail> when the merging step is done and the GAGE
evaluation tool can be run by the user. This will only
work if the Unix mail command is available and
functioning
--dogage <ref path> For each intermediate metassembly run the GAGE
evaluation tool using <ref path> as the reference.
required arguments:
--conf <configuration file>
Path to configuration file. (Required)
bin/のパスを通しておく。
ラン
--テストラン--
configファイルを自動で作って解析される。
cd Metassembler/Sample/meta1/
sh Metassemble_script.sh
マージされたcontigはMetassembly/に保存される。
configファイルの詳細はPDFファイルで確認してください。
追記
Mixの方が簡単に動きます。
引用
Metassembler: merging and optimizing de novo genome assemblies
Alejandro Hernandez Wences and Michael C. Schatz
Genome Biology 201516:207