2020 3/3 タイトル修正 From Data to Vizは、決定木（wiki）を使ってデータの可視化に適したフォーマットを教えてくれるwebサイト。 From data to Viz | Find the graphic you need 下記の決定木を使い、自分の所有しているデータタイプに適したフォーマット…

2019 1/10 追記 Cyberinfrastructureは、直訳するとサイバー空間のインフラとなる。計算科学の分野では大規模な計算化学の課題に対する解決策を提供するもの、というような意味で使われている（wiki）。CyVerseはこのCyberinfrastructureを提供する、様々な…

次世代シークエンシング（NGS）は、日常的な遺伝子検査のための強力かつ効率的で費用効果の高い臨床ツールとなっている。それは、遺伝子的に多くの遺伝病を解読することによって有用性が証明されており、これが最も顕著なのは癌である（Ardeshirdavani et al…

次世代シークエンシング（NGS）技術は、オルガネラゲノム配列のavailabilityを爆発的に増加させた（論文より ref.1）。しかし、シーケンスアノテーションは依然として大きなボトルネックになっている。オルガネラゲノムの（半）自動注釈のための4つのツール…

Genetic variant の重要な特徴の1つは、その地理的分布である。地理的分布は、対立遺伝子が最初に出現した場所、それがどのようなpopulationsで広がっているのか、ならびにmigration、遺伝的浮動（wiki）、および自然選択がどのように作用したかを明らかにす…

ゲノムアイランド（GIs）は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される（wiki）。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ（論文より ref.1,2）内のバクテリアおよびアーキアの適応度…

保存されたシンテニーは、共通のゲノムを共有することによって支持される遺伝子間の推測された相同性関係を指し、生物のすべての領域にわたって広く使用される測定法である（論文より Moreno-Hagelsieb et al, 2001; Engstrom et al, 2007; Heger Ponting 20…

Genome 10K Project（論文より ref.1）、 Bird 10,000 Genomes (B10K) Project（ref. 2）、i5k: Sequencing Five Thousand Arthropod Genomes Project（ref.3）など、様々な大規模ゲノムプロジェクトの成果とともに、様々な種から大量のゲノム配列が蓄積して…