fastq / fastaの操作ツール seqtk

format conversion fasta/fastqの操作

seqtkはfastqをfastaに変換したり、相補鎖に変換できるツール。ランダムサンプリング機能ももち、de novo transcriptome解析でアセンブルに有利なリードデプスに間引くツールとして用いられることもある（ペーパー）。動作が非常に高速のため使いやすい。似…

2017-08-01

オルソログを探す OrthoFinder

ゲノム比較 (comparative genomics) annotation orthologue bacteria archaea 2015 Genome Biology docker all versus all sequence comarison

2019/11/3 condaインストール追記 2019/11/24 help追記 2022/1/5 helpのバージョン更新 2023/03/01 docker 追記配列間の相同性関係を同定することは生物学的研究にとって基本である。ここで本著者らはオルソロググループ推論アルゴリズムにおける以前には…