banファイルを読み込んでリード情報を可視化できるフリーソフト。多様なオプションが用意されており、使いこなすにはかなり勉強が必要。 例を挙げて説明する。 1、Split view 表示 下のようにウィンドウを分けて表示できる。本来はmate-pairの相方リード表示…

ARTで250bpでカバレッジ100のシングルfastqを生成。マッピングソフトによるカバレッジの差を調べる。 まずはfastqのジェネレート。 art_illumina -ss MSv3 -sam -i input.fasta -p -l 250 -f 100 -s 10 -o single-read マッピングソフトデフォルト条件での平…

2019 2/13 condaインストール追記 2020 2/25 コメント追加、3/9 インストール方法変更、5/1 使用例追記 2021 1/8 インストール方法変更(blastを追加)、5/23 インストール手順の誤字修正 2023/10/24 biopythonのインストール方法変更 Artemis comparison tool…

2020 3/1 リンク追加 Artemisはサンガー研で開発されたゲノムデータをビジュアルで見れるソフト。ゲノムのデータ（genebakファイルなど）を読み込ませると、遺伝子単位まで拡大して確認できる。ダウンロードはここから http://www.sanger.ac.uk/science/tool…

今回はhumanのデータを使う。重いのでchromosome19に限定して解析する。 ------------準備------------ 1、データ fastaファイル。 FTP Downloadからhumanのfastaファイルをダウンロードする。 Homo_sapiens.GRCh38.dna_rm.chromosome.19.fa rRNAのfastaファ…

Contig_Hunter_version_0.1.plで解析すると、-R_ggplot2というフォルダの中に４つのファイルが出力される。それをRに読み込ませる。*1 coverage.txt GC.txt length.txt name.txt Rのワーキングディレクトリに４つのファイルをコピーし、Rのターミナル環境で…