macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-12-25から1日間の記事一覧

特異的なプライマーを自動設計する Primer BLAST

2018 11/07追記 2018 11/16 誤字修正 2020 9/26 NCBI Staffのツイート追記 プライマーデザイン時には、GC率が適度か、ヘアピンループを取らないか、ダイマーを作らないかなどはチェックされるが、ゲノム全体で特異的な増幅が可能な組み合わせになっているか…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…