macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

primer

ターゲットに特異的なコア配列のプライマーを設計する RUCS

ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、分子生物学における最も重要な科学的進歩の1つである。これは、DNAの特定の配列をコピーするための安価な技術である。 PCRは、医療、法医学、および研究のアプリケーションに不可欠なツールになっている。 PCRは、感染性病原…

マイクロサテライトの高速検索を行うGUIツール Krait

一般にsimple sequence repeats(SSR)またはsimple tandem repeats(STR)とも呼ばれるマイクロサテライトは、1〜6bpの単位長の短いタンデム反復DNA配列である。マッピングや集団遺伝学、法医学検査および系統解析(Ellegren 2004; Vieira et al、2016)に…

似たゲノムと比較してアセンブリのFinishingをサポートするwebツール CONTIGuator2

NGS解析技術の発展により特にバクテリアのゲノム解析が容易になり、関連するゲノムの数も劇的に増加した。しかしゲノムのアセンブリは簡単に自動化することはできない。 事実、ドラフトのギャップを埋めるために、一連のPCRを設計しなければならない。 この…

特異的なプライマーを設計できない領域をマスクしてプライマー設計を支援するPrimer3_masker

Primer3_maskerは、ゲノムに対してk-mer頻度のデータベースを構築し、プライマーが高頻度に結合する配列をマスクすることで、特異的なプライマー設計が行えるよう支援するツール。 論文がアクセプトされたのが2018年の1月17日となっており、 まだ書類があま…

特異的なプライマーを自動設計する Primer BLAST

プライマーデザイン時には、GC率が適度か、ヘアピンループを取らないか、ダイマーを作らないかなどはチェックされるが、ゲノム全体で特異的な増幅が可能な組み合わせになっているかどうか調べるのは簡単ではない。特に、マルチプレックスPCRのような複数のプ…

リファレンスゲノム情報を使ってcontigをソートし、ギャップクローズのPCRプライマーを自動設計するProjector 2

Projector 2はリファンレンスのゲノムを使い、de novo assemblyで作ったcontigをconcatenateして、さらに隣接したcontigを跨ぐ特異的なプライマーを自動設計して、Finishingを助けるツール。contigの接続の指標となる参照するゲノムはドラフトでも使える。リ…

ファミリー遺伝子などから特異的なプライマーを自動設計するwebツール Primique

Primiqueは特異的なプライマーを自動設計してくれるツール。高い相同性を持つ遺伝子ファミリーからなるような配列から特異的、または縮退した配列を設計するのに重宝する。 webサーバー http://cgi-www.cs.au.dk/cgi-chili/primique/front.py how to use htt…

プライマーがどれだけユニークか調べるwebツール GenomeTester 1.3

GenomeTester 1.3はプライマーペアの結合サイトをゲノム全体から調べて、どれだけの断片が増幅されるのか予測するツール。データベース化されたヒトゲノムといくつかのモデル真核生物ゲノムで使用できる。 webサーバー http://bioinfo.ebc.ee/genometester/ …

Reference-assisted assembly3 ABACAS

ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの2つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…