macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

plasmid

近傍した遺伝子の大規模解析、比較、可視化を行う AnnoView

遺伝子近傍の解析と比較は、微生物ゲノムの構造、機能、進化を探索するための強力なアプローチである。ゲノムの可視化や比較のためのツールは数多く存在するが、大規模なゲノムデータベースやユーザーが作成したデータセットを横断してゲノムを探索すること…

完全かつ正確な細菌ゲノムアセンブリを行う Hybracter

2023/12/23 誤字修正 2024/02/11 help追記 ロングリードシークエンスの精度と利用可能性が向上したことで、現在ではハイブリッド(すなわちショートリードとロングリード)アセンブリアプローチを用いて完全な細菌ゲノムが日常的に再構築されている。完全長…

ショートリードアセンブリからプラスミドコンティグを同定する PLASMe

プラスミドは、重要なアクセサリー遺伝子を運ぶ移動性の遺伝性エレメントである。プラスミドをカタログ化することは、細菌間の遺伝子の水平伝播を促進するプラスミドの役割を解明するための基本的なステップである。次世代シーケンサー(NGS)は、今日、新し…

バクテリアのプラスミド自動アセンブリツール Plassembler

近年のシーケンシング技術の進歩により、ロングリードファーストアセンブリアプローチとショートリードポリッシングを組み合わせることで、ほぼ完全な細菌染色体アセンブリを安価かつ効率的に得ることが可能になった。しかしながら、long-read-first assembl…

出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、視覚化するためのウェブサーバー PlasMapper 3.0

PlasMapper 3.0は、出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、対話的に可視化できるウェブサーバーである。プラスミドマップは、遺伝子クローニング実験に関する重要な情報を計画、設計、共有、公開するために使用される。PlasMapper 3.0は、PlasMappe…

細菌プラスミドのデータベース PLSDB

プラスミドには、病原因子や抗生物質耐性機構をコードする遺伝子が含まれていることが知られている。メタゲノミクスデータ処理におけるその関連性は着実に高まっている。しかし、メタゲノム実験の普及と規模の拡大に伴い、報告されるプラスミドの数も急速に…

NCBIからmitochondria DNAをダウンロードする。

NCBIのOrganelle Genome Resourcesでは、オルガネラゲノム配列をダウンロードできます。ミトコンドリアDNAのfastaファイルをダウンロードしてみます。 NCBIのOrganelle Genome Resourcesにアクセスする。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/organelle/ 左…

ゲノム配列やシークエンシングデータを公開リポジトリから取得する getSequenceInfo

2022/07/14 誤字修正 生物学的配列は、世界中で急速に、そして指数関数的に増加している。塩基配列データベースは、様々な生物について有意義なゲノム情報を提供する重要な役割を担っている。getSequenceInfoは、GenBank、RefSeq、European Nucleotide Archi…

病原性細菌の抗生物質耐性関連可動遺伝因子を検出する VRprofile2

VRprofile2は、細菌ゲノム配列中の多様な mobile genetic elementsを高速に同定するパイプラインを更新したものである。前バージョンと比較して、3つの大きな改善がなされた。まず、モザイク構造を持つ多剤耐性領域において、抗生物質耐性遺伝子カセットと様…

メタゲノム解析を行う BusyBee Webのアップデート

近年、分類学的プロファイリングツールの方法論やリファレンスデータベースの改良が進んでいるが、メタゲノム解析ワークフローにおいては、メタゲノムアセンブリとゲノムビニングが依然として重要な柱である。リファレンス情報がない場合、ゲノムビニングはm…

細菌ゲノムとプラスミドの系統に基づく比較ゲノムパイプライン GEnView

ある細菌遺伝子のゲノム座を株や種を超えて比較することで、後天的な移動性、異なる分類群間での保存の度合い、あるいは遺伝子の水平伝播事象の示唆など、その進化に関する洞察を得ることができる。現在までに数千の細菌ゲノムが利用可能であるが、多数のゲ…

オルガネラゲノムをプロットするオンラインプログラム Chloroplot

ゲノム構造の複雑さとそのユニークな構造を理解することは、これらの特徴を表現するために使用される視覚化ツールの能力と関連している。このようなツールは、ゲノムコンテンツの現実的でスケーラブルなバージョンを提供することができなければならない。こ…

ドラフトアセンブリからプラスミドを同定する MOB-suite

コストパフォーマンスの高いIllumina社のショートリードシーケンシングにより、大規模な細菌集団遺伝学研究が日常的に行われるようになった。しかし、プラスミドのアセンブリが不完全であるため、プラスミドの含有量を分析することは依然として困難である。…

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新2023/10/16 インストール手順修正(python3 => python 3.10) Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやs…

コンティグを遺伝子含有量に基づいてプラスミドか非プラスミドかに分類する plasmidVerify

2023/10/01 追記 プラスミドは細菌の生存と適応に重要であるが、ゲノムはもちろん、メタゲノムサンプルからのプラスミド検出とアセンブリは依然として困難である。最近開発されたplasmidSPAdesアセンブラは、単離ゲノムの場合にはこれらの課題のいくつかに対…

ドラフトゲノムからplasmidを検出する RFPlasmid

細菌の抗生物質耐性(AMR)遺伝子は、多くの場合プラスミド上に保持されており、これらのプラスミドは細菌間でAMR遺伝子を移行させることができる。分子疫学やリスク評価のためには、遺伝子が転写性の高いプラスミド上にあるのか、より安定した染色体上にあ…

ロングリードシークエンシングから環状プラスミドを同定しARGsなどのアノテーションをつける PlasmIdent

多剤耐性菌の感染は、多くの場合、治療の選択肢が限られているか、あるいは全くないままである。細菌種間での遺伝子の水平移動によるプラスミドの移動は、抗生物質耐性遺伝子(ARG)拡大の重要なモードを表している。ここでは、複数の細菌種内および細菌種間…

ターゲットアセンブリにより保存されたプラスミド配列を再構成してアノテーションをつける PlasmidID

PlasmidIDはマッピングベースのアセンブリアシストプラスミド同定ツールで、プラスミド同定のための解析とグラフィックソリューションを提供する。 PlasmidIDは、プラスミドデータベースの配列上にイルミナリードをマッピングするBASHで実装された計算パイプ…

ショートリードアセンブリからplasmid配列を同定する Platon

プラスミドはchromosomeから独立して複製する染色体外遺伝要素であり、細菌の環境適応において重要な役割を果たしている。プラスミドは、潜在的な移動性または接合能力により、抗菌薬耐性遺伝子や病原性因子の重要な遺伝的乗り物であり、臨床的にも大きな意…

(メタゲノムの)アセンブリグラフから環状plasmid配列を出力する SCAPP

2021 6/27 論文引用 メタゲノムシーケンスは、多くの新しい細菌ゲノムシーケンスの識別とアセンブリをもたらした。 これらのバクテリアはしばしばプラスミドを含んでおり、それはあまり研究も理解もされていない。 これらのプラスミドの研究を支援するために…

pATLASflow

pATLASflowはplasmid ATLASのマッピング、 mash screen、およびアセンブリメソッドを実行するパイプライン。 plasmid ATLAS インストール GIthub #ここでは仮想環境に入れる。conda create -n pATLASflow nextflowconda activate pATLASflowconda instlall -…

プラスミドの分析と視覚化のwebサービス Plasmid ATLAS

2019 11/8 pATLASflow紹介リンク追加 プラスミドは、mobile genetic elements(MGE)として分類されるchromosome外遺伝因子であり、細菌間で自己複製および転移する能力があるため、遺伝子の水平伝播において極めて重要な役割を果たしている(ref.1〜3)。プ…

プラスミド配列を予測する PlasClass

高スループットシーケンスを使用して細菌宿主内のプラスミドの存在とダイナミクスを研究する場合、多くの場合、シーケンスをプラスミドまたは細菌起源のものとして分類する必要がある。これは、メタゲノムシーケンスの場合に特に当てはまる。メタゲノムシー…

メタゲノムのアセンブリ配列からファージやプラスミドを予測する PPR-Meta

Mobile genetic elements(MGE)として知られるファージとプラスミドは、原核生物や真核生物の間で遺伝情報を交換するとともに、水平遺伝子伝達(HGT)の主要な参加者である[ref.1]。そのようなエレメントは、宿主と相互作用することによって微生物群集を調…

アセンブリグラフからプラスミドを検出する HyAsP

プラスミドはバクテリアで一般的なextra-chromosomalのDNA分子である。プラスミドは、それらの長さ(それらはchromosomeよりはるかに短い傾向がある)、コピー数(プラスミドは細胞内に複数のコピーで存在する場合がある)およびGC含有量などの様々な特徴に…

バクテリア、アーキア、プラスミドの複製起点(ori)データベース DoriC

2019 6/21 誤字修正、コマンド修正 2023/10/19 URL修正 すべての生物において、DNA複製は複製機構の構築段階で正確に制御されている(ref.1)。複製起点は特定のゲノム遺伝子座であり、そこでは二本鎖DNAがほどけて一本鎖DNA鋳型を形成して新しい鎖の合成を…

metaplasmidSPAdes

2019 6/7 出力例 プラスミドは、それらの生存および適応にとって重要なさらなる遺伝物質を細菌宿主に提供するクロモソーム外に独立して複製されるDNA分子である。シーケンシング時代より昔は、抗生物質耐性または難治性有機化合物を分解する能力など、それら…

(ヒト向け)超高感度なマルチサンプルバリアントコーラー Needlestack

大規模並列シーケンシング、または次世代シーケンシング(NGS)は、従来のSangerシーケンシングと比較してスループットの大幅な増加と低存在量のバリエーションを検出するこれまでにない能力により、遺伝的バリエーションの探索方法に革命をもたらした。シー…

メタゲノムのアセンブリ配列からプラスミド配列を予測する PlasFlow

プラスミドは、変化する環境条件下で急速な進化とそれらの宿主の適応を促進するmobile genetic elementsである(ref1,2)。プラスミドは、宿主細胞内で自律的に複製するの染色体外のDNA断片であり、細菌種において広く存在している。既知のプラスミドの大部…

(病原性の)大量のバクテリアゲノムの自動解析パイプライン TORMES

2019 12/20 インストール手順修正 2019 12/21, 12/22結果追記 連休中は不定期更新になります。よろしくお願いいたします。 ハイスループットシーケンシング(HTS)技術の進歩およびシーケンシングコストの削減は、全ゲノムシーケンシング(WGS)が多くの…