macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

orthologue

PHYLUCE

保存された領域、または超保存 (ultraconserved) された領域(以下、保存された遺伝子座 (conserved loci) )のエンリッチメントは、非モデル生物(Faircloth et al、2012、2013、2015)の複数の時間スケールでの普遍的なphylogenomic analysesを可能にする…

ゲノム間のオロソログを予測してシンテシーブロックとして視覚化する Synima

オーソロガス遺伝子は、タンパク質または機能的RNA分子をコードする核酸のセクションであり、単一の祖先遺伝子から派生し、その後に種分化により分岐している[ref.1、2]。対照的に、パラロガスな遺伝子は、単一の種内の重複から生じたものである。 OrthoDB […

eggNOG データベース

eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い進化的タイムスケ…

パンゲノム解析を行うためのprokaryotesゲノム情報のデータベース proGenomes2

2019 10/27 twitter追記2 019 10/27 ブラウザについて追記 大規模ゲノミクスは、微生物の理解を深めるために役立っている。微生物学は、数千のシーケンスされたゲノムを利用できるデータ集約型の分野に発展した(ref.1–3)。過去20年以上にわたり、シークエ…

Functional enrichment analysisとID変換を行う g:Profiler

2019 9/12 誤字修正、おかしな文章削除 ハイスループット研究からの遺伝子リストの解釈には、最新のデータに基づいた有能で便利なツールが必要である。 Enrichr(ref.1)、WebGestalt(ref.2)、Metascape(ref.3)、KOBAS(ref.4)、AgriGO(ref.5)などのf…

PGAPとPGAP-Xを組み込んだバクテリアのパンゲノム解析webサーバー PGAweb

2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 2019 11/2 誤字修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用され…

ホモログ及びオルソログタンパク質を検索するwebデータベース orthoFind

相同配列を見つけることは、機能転移によるタンパク質の機能的アノテーションを可能にし、これらの配列が共通の進化起源を有するために推論され、そして進化研究の支持としてしばしば使用される[ref.1−3]。ホモログ内では、オルソログは種分化事象から進…

OrthoVenn2

注意 2019 6/24 追記 6/25 編集 すでに比較されているデータについては問題ありませんが、手持ちのmulti-fsstaをアップロードして調べる場合、シングルラインのfastaににしておかないとそれぞれのfastaの先頭行のみ使ってしまうようです。以下のperlスクリプ…

オルソログとパラログを小メモリ使用量で高速探索する SwiftOrtho

2019 10/26 論文引用追加 Gene homology type classification は、種を越えてパラログおよびオルソログを同定することからなる。オルソログは共通の先祖遺伝子から分化後に進化した遺伝子であり、パラログはduplicationのために相同な遺伝子である。遺伝子の…

 高速なオルソログ推論ツール JustOrthologs

オルソログの同定は、多くの研究にとって長い間困難でありながら重要な、最初のステップであった。オルソログは、2つの種の最後の一般的な祖先に存在する同じ祖先遺伝子に由来する遺伝子配列であり、系統樹の再構築または遺伝子機能への洞察を支援することが…

高速かつ精度の高いオロソログ検索を行う SonicParanoid

3/8 誤字修正、ツイッターリンク追記 3/10 誤字修正 最近のDNAシーケンシング技術の進歩により、completeシーケンシングされたゲノムの数は急速に増加している。複数のゲノムにコードされているオルソログ遺伝子を正確に推論することが、これらのデータセッ…

オルソログデータベース OrthoDB

ゲノムシーケンシングは、遺伝子の完全なレパートリーを明らかにし、分子レベルでの細胞プロセスの研究を可能にする可能性を有する、生物の分子調査のための最も包括的な方法である。相同性、共有された祖先の証拠としての遺伝子配列の類似性認識は、他の種…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

バクテリアの保存されたgene clusterを探し、結果をビジュアル表示する Gecko3

Gecko3は複数ゲノムを比較して、保存された遺伝子クラスターを検出する方法論。ユーザーが指定した特定の遺伝子群について関連のある遺伝子や遺伝子クラスターを検索することができるSTRINGなどのデータベースと異なり、Gecko3は調べたい生物群の全遺伝子を…

オルソログを探す OrthoFinder

2019 11/3 condaインストール追記 2019 11/24 help追記 配列間の相同性関係を同定することは生物学的研究にとって基本である。 ここで本著者らはオルソロググループ推論アルゴリズムにおける以前には検出されていない遺伝子長バイアスを解決するOrthoFinder…