macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

orthologue

オルソログとパラログを小メモリ使用量で高速探索する SwiftOrtho

Gene homology type classification は、種を越えてパラログおよびオルソログを同定することからなる。オルソログは共通の先祖遺伝子から分化後に進化した遺伝子であり、パラログはduplicationのために相同な遺伝子である。遺伝子の進化の歴史は遺伝子機能と…

 高速なオルソログ推論ツール JustOrthologs

オルソログの同定は、多くの研究にとって長い間困難でありながら重要な、最初のステップであった。オルソログは、2つの種の最後の一般的な祖先に存在する同じ祖先遺伝子に由来する遺伝子配列であり、系統樹の再構築または遺伝子機能への洞察を支援することが…

高速かつ精度の高いオロソログ検索を行う SonicParanoid

3/8 誤字修正、ツイッターリンク追記 3/10 誤字修正 最近のDNAシーケンシング技術の進歩により、completeシーケンシングされたゲノムの数は急速に増加している。複数のゲノムにコードされているオルソログ遺伝子を正確に推論することが、これらのデータセッ…

オルソログデータベース OrthoDB

ゲノムシーケンシングは、遺伝子の完全なレパートリーを明らかにし、分子レベルでの細胞プロセスの研究を可能にする可能性を有する、生物の分子調査のための最も包括的な方法である。相同性、共有された祖先の証拠としての遺伝子配列の類似性認識は、他の種…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

オルソログを探す OrthoFinder

配列間の相同性関係を同定することは生物学的研究にとって基本である。 ここで本著者らはオルソロググループ推論アルゴリズムにおける以前には検出されていない遺伝子長バイアスを解決するOrthoFinderと呼ばれる新規なアルゴリズムを提供する。この結果、精…