macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

genome browser

ゲノムビューア Genomeview

コスト削減と性能向上のために、ハイスループットシークエンシングや次世代シークエンシング(NGS)マシンは世界中の数十のゲノム研究所で数百万の配列を生産している(論文より ref.1-4)。 NGSデータのアプリケーションは多様であり、例えば、NGSは、大規…

コマンドライン環境のゲノムブラウザ ASCIIGenome

次世代シーケンシングデータの視覚化は、研究者が結果の質を評価し仮説を生成することを可能にするゲノミクスの基本的な部分である。したがって、ゲノムデータをブラウズするためのいくつかのプログラムは、ゲノミクスコミュニティの間で広く普及しており、…

IGVが重い時のtips

IGVにbamファイルを読み込むと重くて困ることがある。表示を軽くするためのtipsを書いておく。 bamを読み込んでリードが見えるまで拡大した状態。 view -> Preference 赤枠部分を以下のように修正。 リードがダウンサンプリングされ、動作が軽くなった。 ま…

IGVをコマンドラインから起動する

IGVはいくつかのバージョンが提供されいる。デスクトップにショートカットを作ってjavaのwebスタート版を使っている人もいるかもしれないが、コマンドラインから叩くやり方も知っておくと便利である。 まずigvをbrewで導入しておく。igvtoolsも入れておくと…

Artemis使用法

Artemisはサンガー研で開発されたゲノムデータをビジュアルで見れるソフト。ゲノムのデータ(genebakファイルなど)を読み込ませると、遺伝子単位まで拡大して確認できる。ダウンロードはここから http://www.sanger.ac.uk/science/tools/artemis Macなら、…