macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

abundance estimation in metagenomics data

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住んでいる。したがって、それらが形成するコミュニティの構成を正確にプロファイルし、比較することは基本的な関心…

Bracken

メタゲノミクスは、急速にそして安価に膨大な量のDNA配列を生成する能力に部分的に起因して、急速に成長している研究分野である。ヒトゲノムが2001年に最初に発表されて以来(The International Human Genome Sequencing Consortium、2001; Venter et al、20…

Krona

2019 4/26 わかりにくい文章を修正 メタゲノム研究の重要な成果は、分類群または機能群の存在量の推定である。これらのグループへのアサインおける固有の不確実性は、それらの階層的コンテキストとそれらの予測信頼度の両方を考慮することを重要にしている。…

KrakenUniq

2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短いワードの正確な一…

複数のbiningツールを統合し、包括的なメタゲノム解析を行うパイプライン metaWRAP

2018 10/7 タイトル修正 2018 10/8 説明追加 2018 10/8 step5エラー修正 2019 1/22 データベース作成ケアレスミス修正 2019 4/15 ヒートマップ追加 全メタゲノム(WMG)ショットガンシーケンシングによる微生物群集の研究は、それらの分類学的組成に加えて、…

メタゲノムを分類する MetaProb

Metagenomicsは、環境から直接得られたゲノム配列の研究である。微生物群集の分類学的多様性を特徴づけることは、メタゲノム研究の第一の目的の一つであり、過去10年間でますます普及している分野となっている(Mande et al、2012)。例えば、ヒトにおける微…

メタゲノム分析ツール Pavian

メタゲノミクスシーケンスは、感染症における病原体の検出に革命を起こす可能性を秘めている。現在、ほとんどの感染症の診断は、時間がかかり労働集約的な伝統的な文化に基づく方法で行われ、オフターゲット病原体を逃す可能性がある。いくつかの最近の研究…

メタゲノムのリードの系統アサインメントを行う Centrifuge

2019 1/17 タイトル修正 2019 4/16 condaインストール 2019 4/19 ダウンロード方法追記 2019 5/9 パラメータ追記 2019 5/13 test追加 アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発見されている(Keller…

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju

2018 10/7 タイトル修正 2018 11/20 conda追加 2018 12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。この「メタゲノミック…

小メモリで高速にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う metaOthello

2018 10/7 タイトル修正 Metagenomicsとは、興味ある環境から得られたゲノム研究であり、例えばヒトの体内(Huttenhower and Human Microbiome Project Consortium、2012)、海水(Venter et al。、2004)、酸性雨排水(Tyson et al 、2004)などが例として…

メタゲノムのtaxonomyアノテーションを行い定量する MGmapper

迅速で効率的なDNAシーケンシング技術の進歩により、堆積物[論文より ref.1] [ref.2]、水[ref.3]、氷[ref.4]、ヒトなど様々な環境から微生物群集を研究することが可能になった[ ref.6]。既知のDNA配列決定プラットフォームの中で、イルミナHiSeqおよびMiSeq…

バクテリアをstrainレベルで検出する StrainSeeker

病原性細菌の検出には、細菌病原体を迅速に同定する必要がある。このために、通常、病原体は単離され、PCRや全ゲノム配列が行われる。分子タイピングの主な目標の1つは、病原体をクローン群に分類することである。なぜなら、同じ種の系統は宿主に対して大き…

メタゲノムデータの高速なtaxonomy assignmentを行う kraken

2018 10/6 タイトル修正 2018 11/17 簡単なテスト追加 2019 4/12 dockerリンク追加 krakenは2014年に発表されたメタゲノムデータの分類手法。fastqまたはfastaの入力からk-merの配列に分解し、構築したデータベースにアライメントを行う。BLASTと同等の精度…