macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Reference-assisted assembly

構造変化も含めてバリアントを検出し、アセンブルしたFASTAを出力するPilon

何百というバクテリアゲノムをシーケンスできる時代になったが、それに伴い大量のデータを効率よく分析できる堅牢でスケール変化に対応できる手法が求められている。Pilonは全自動で動作するバクテリア向けのリファレンスベースのアセンブルツールである。dr…

Reference-assisted assembly4 AlignGraph

AlignGraphは、よく似たゲノム配列を使いcontigを伸ばしたり繋いでくれるツール。よく似たゲノム配列が存在するとき、アセンブリして作ったcontigやscaffoldsをさらに伸ばすために使われたりする。 インストール 依存 Bowtie2 BLAT PBLAT (http://icebert.gi…

Reference-assisted assembly3 ABACAS

ABACASはサンガー研の開発したReference-assisted assemblyなアセンブル法である。2009年に論文が発表された。サンガー研のACTやMummerの機能と連携しており、ランと結果の分析にはこの2つがインストールされている必要がある。その他の特徴として、primer3…

Reference-assisted assembly 2 RACA

RACA Reference-assisted assembly を行うツール。解析にはリファレンスとアウトグループが必要である。 論文では、RACAを使いGAGEのゴールデンデータセットをアセンブルしたデータや、Tibetan antelope(ウシ科のチルー)のアセンブルデータが使われている…

Reference-assisted assembly1 ragout

近縁種の既知のゲノム情報を使い、アセンブルを助ける手法がいくつか報告されている。いくつかインストールして使い勝手を検証してみる。 ragout small genomeとlarge genomeいずれにも使えるツール。2014年に発表された(ref.1)。複数の近縁ゲノムを使うこ…