macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

HMM

FragGeneScan

次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料(すなわちメタゲノム)内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので(論文執筆時点)、ショートリードから直…

タンパク質ドメインを検索する HMMER

2019 6/25インストール追記 HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサーバー https://www.ebi.ac.u…

Prokaryotesのアノテーションツール Prokka

2018 10/6 タイトル修正 2019 4/3 説明修正 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 インストール方法追加 2019 7/6 dockerリンク修正 2019 7/6 コマンド修正、help追加、タイトル修正 2019 8/24 インストールの説明の誤り修正、バージョンアップ追記 2019 8/…