macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

HMM

(metagenomeのbinned.faから)鉄関連の遺伝子を探す FeGenie

鉄は地球上のほぼすべての生命にとっての微量栄養素である。鉄は、鉄酸化および鉄還元微生物による電子供与体および電子受容体として使用でき、光合成および呼吸を含むさまざまな生物学的プロセスで使用される。鉄は地球の地殻で4番目に豊富な金属だが、鉄は…

HMMを使ったKEGG IDsアノテーションwebサービス KofamKOALA

KofamKOALAは、事前に計算された適応スコアしきい値を持つプロファイル隠れマルコフモデル(KOfam)のデータベースに対する相同性検索により、KEGGオーソログ(KO)をタンパク質配列に割り当てるWebサーバである。 KofamKOALAは、既存のKO assignmentツール…

Genome properties (GP)

現代のDNAシーケンシング技術は、単離した生物のみならず、生物のコレクション(メタゲノミクス)のDNA配列を決定する能力に革命をもたらした。一握りの特徴づけられた配列から新規ゲノムにコードされた遺伝子への自動アノテーションは、特に原核生物ゲノムで…

HMMを使用してメタゲノムの遺伝子を見つけるwebサービス MetaHMM

大規模な臨床および環境のメタゲノムデータセットの高速で手頃なシーケンスにより、医療およびバイオテクノロジーのアプリケーションにおける新しい視野が開かれている。今日、地球上の微生物の約1%しか記述できていないと考えられており、メタゲノム解析は…

MPI Bioinformatics ToolkitのHHpredとMODELLER webサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)は、タンパク質バイオインフォマティクス分析のための無料のワンストップWebサービスである。現在、相互接続された34の外部ツールと内性ツールを提供しており、その機能には、配列類似性検索…

eggNOG データベース

eggNOG 5.0のペーパーより 分化イベント後に共通の祖先から分岐したオルソログを同定することは、分子生物学および進化生物学における基本的な課題である。 duplication eventの後に分岐した配列であるパラログと比較して、オルソログは長い進化的タイムスケ…

FragGeneScan

次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料(すなわちメタゲノム)内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので(論文執筆時点)、ショートリードから直…

相同なタンパク質配列を探す HMMER

2019 6/25インストール追記 2019 12/17 タイトル修正 HMMERはタンパク質のドメイン検索に使われるツール。Pfamなどのタンパク質ドメインのデータベースを使い、ドメインの検索を行ってアノテーションをつけることができる。ここではhmmscanを試す。 webサー…

Prokaryotesのアノテーションツール Prokka

2018 10/6 タイトル修正 2019 4/3 説明修正 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 インストール方法追加 2019 7/6 dockerリンク修正 2019 7/6 コマンド修正、help追加、タイトル修正 2019 8/24 インストールの説明の誤り修正、バージョンアップ追記 2019 8/…