Binning (metagenomics)
微生物群集の機能と進化を理解する能力は、特定の生態系のほとんどの構成種を培養できないことで妨げられてきた（論文より Hugenholtz、Goebel＆Pace、1998）。ショットガンシーケンシングの環境DNAへの応用であるMetagenomicsは、この培養のボトルネックを…
シーケンシング技術の発展により、複雑な非モデル生物ゲノムおよび生物共同体のゲノムをシーケンシングの標的とすることが可能になった。これらの非モデル生物のいくつかは、それらの環境から単離することが困難だったりin vitroでクローン化ができなかった…
ショットガンシーケンシングのMetagenomicsにより、微生物のコミュニティとそのメンバーを研究できる。進化的発散とこれらのメンバーの豊富さは大きな違いがあり、strainレベルの非常にclosely relatedなメンバーだったり、進化的に大きく離れていたり、豊富…
ハイスループットショットガンシーケンシングは、未知の微生物群集を研究する強力な方法を提供する（Eloe-Fadrosh et al、2016）。メタゲノミクスショットガンシーケンシングからゲノムビニングと呼ばれるプロセスによって完全または部分的な微生物ゲノムを…
2018 10/7 タイトル修正 2018 10/8 説明追加 2018 10/8 step5エラー修正 全メタゲノム（WMG）ショットガンシーケンシングによる微生物群集の研究は、それらの分類学的組成に加えて、微生物の代謝ポテンシャルの研究のための新しい道を開くものである[論文より…
Genome-resolved metagenomics は、環境ショットガンDNAシーケンシングデータからのゲノムの再構築をターゲットとする。ゲノム配列に基づいて、個々の生物の代謝経路を推論することができ、微生物群におけるそれらの生活様式を予測することができる。シーケ…
全ての微生物集団の配列が同時にサンプリングされるため、メタゲノム試料の個々のゲノムの回収には困難を伴う。しかし、自然生態系および人工生態系における未耕地微生物の機能的可能性を理解することは重要な手順である。ビニングとは、アセンブリされてい…
Metagenomicsは、環境から直接得られたゲノム配列の研究である。微生物群集の分類学的多様性を特徴づけることは、メタゲノム研究の第一の目的の一つであり、過去10年間でますます普及している分野となっている（Mande et al、2012）。例えば、ヒトにおける微…
ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた（論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012）。研究者は、微生物群全…
アセンブリしたcontig中に、アセンブリツールのアーティファクトやコンタミ由来のcontigが混じることは頻繁に起きる。そのため、アセンブリのクオリティチェックの一つにターゲットとなる生物以外の配列がどれほど混じっているか見積もることが重要になる。B…
MBBCはメタゲノムをbinningする方法論。リード中のk-mer頻度とk-merカバレッジから分類とabundanceの見積もりを行う。2015年に論文が発表された。 マニュアル http://eecs.ucf.edu/~xiaoman/MBBC/man1V1.html インストール ダウンロード 実行方法 GUIバージ…
MyCCは全プロセスを自動化したメタゲノム解析ツール。contigのfastaファイルを入力すると、配列の特性に従って自動で分類し、binning向けに色がついた図を描画し、さらにクラスタリングされたfastaまで出力することができる。既存のカバレッジやペアリードの…
VizBinはメタゲノムデータをレファレンスに依存せずにbinnigする手法。5-merの配列 をオリゴヌクレオチドの頻度として計算し、其の頻度からアセンブルデータを分類する。最終的に２次元のPCAプロットとしてビジュアル化してくれる。どこからどこまでを１つの…
使ってみて便利だったツールを紹介する。 Genome sequences of rare, uncultured bacteria obtained by differential coverage binning of multiple metagenomes Albertsen et al. (2013) メタゲノムデータから、各生物ごとのデータを大まかに仕分け、その後…
