macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ANI

バクテリアゲノムの比較ゲノム解析を行うwebサービス EDGAR

Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連する大規模なゲノム群を比較的に解析する…

anvi'oのパンゲノム解析でヒートマップを追加する

Prochlorococcus Metapangenome - Anvi'o Server anvi'oは様々な解析方法や表現方法をサポートするマルチオミクス解析パッケージである。その機能の1つに、パンゲノムやメタゲノム(binned.fasta)のgenomic ANIを総当たりで計算し、 anvi'oマップにヒートマ…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムのシーケンシングは、多くの場合、扱いやすい分析手法よりも速くデータが生成される手順になって…

ベストマッチするリファレンスゲノムを探す ReferenceSeeker

2020 3/8 コメント削除、タイトル修正 公共データベースで利用可能な微生物ゲノムの数は増え続けており、多くのin-silico分析、例えば 一塩基多型の検出、scaffolding、比較ゲノミクス、に必要なリファレンスゲノムの最適な選択がますます困難になってきてい…

普遍的な single-copy proteinsに基づいてバクテリアとアーキアを分類するGenome Taxonomy Database (GTDB) とその分類ツール GTDB-Tk

2019 10/28 誤字修正、コメント追加 2019 11/5 誤字修正、捕捉追加 2019 11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正 2020 3/4 ツイート追加 2020 4/21 インストールの説明を修正 2020 8/23 補足 2020 9/9 KBase補足 Preprintより 過去数年のシーケンスさ…

微生物ゲノムアセンブリの品質と比較ゲノミクス(correspondence要約)

私(論文のオーサー;hereafter、私)の最近の研究では、低品質の細菌ゲノム配列(ここでは「多くのコンティグを含むゲノム配列アセンブリ、最終的には明らかなミスアセンブリと未解決のプラスミド配列」と定義)を扱ってきた。主要な問題は、ゲノムのクオリ…

ゲノムをダウンロードして総当たりANI比較を実行する pyani

2020 2/12 タイトル修正 2020 2/20 コメント追加 2020 2/25 インストール手順修正 このモジュールはいくつかの代替方法のうちの1つに従って平均ヌクレオチド同一性ANIを計算する。ANIは、DNA-DNAハイブリダイゼーション(DDH )の適切なin silico代替物であ…

バクテリアとアーキアのデータベース EzBioCloud

2019 7/5 関連ツール追記について追記 現代のバクテリアと古細菌の分類学の目標の1つは種の客観的定義である。分類を決定するプロセスは、新しいテクノロジーの出現により、時とともに継続的に改善されてきた。 PCRとそれに続く16S rRNA遺伝子のシークエンシ…

all vs allでgANIを計算する pANIto

ANI

インストール mac os10.12で動作テストを行った。 ビルド依存 Ensure you have a standard development environment installed (e.g. gcc, automake, autoconf, libtool). 本体 Github #homebrewで導入できるbrew install tseemann/bioinformatics-linux/pan…

たくさんのスモールゲノムを比較したり、複数メタゲノムアセンブリのde-replicationを行う dRep

2019 5/7 インストール追記 20196/16 パラメータ追記 20196/16 upしたdocker イメージのエラー修正 2019 6/18 link追加 メタゲノム研究により、シーケンシングされ、ドラフト品質ゲノムが解読される微生物ゲノムの数は毎年急速に拡大している。大きなゲノム…

Kostabl labのANIやAAIを計算するwebツール (enveomicsコレクションの一部)

ゲノムおよびメタゲノム解析は、生物学的研究のいくつかの分野でますます一般的になってきているが、頻繁に繰り返される特殊な分析は、論文のpublish後にはほとんど利用できないin-houseスクリプトとして報告されている。著者らは、微生物ゲノミクスおよびメ…

MinHashを使った高速なANI計算ツール fastANI

2019 1/09 cocndaインストール追記 2019 2/12 不要な文を削除 2019 4/12 dockerリンク追加 2020 4/2 インストール手順修正 さまざまな生態学的背景と進化の歴史を持つ原核生物ゲノムのコレクションが公開されている。このゲノムデータの大洪水は、微生物生態…

gANIを計算するツール ANIcalculator

微生物は数と多様性の両方で生命の樹木を支配しており、その自然分類を困難かつ重要なものにしている。動物では、種は一般に交配可能な生物群と定義されるが(biological species concept)、この定義は無性生物の集合体に直接適用することはできない。結果…

ANItoolsをwebで実行できるANItools web

単離されたバクテリア株の迅速かつ正確な分類は、医療微生物学、特に全国的または全世界的な広がりの脅威を伴う感染症発症中の最も重要な課題である(論文より ref.1)。しかし、現在の分類方法はすべて、表現型の類似性や化学的性質に基づく方法のみならず…

MinHashを使いfasta / fastqから生物種を高速推定する BBSketch

2019 6/13 追記 2019 7/18 インストール追記 2020 7/7 コマンド追記、help 更新 2020 7/9 文章追記 以前このブログで紹介したBBtoolsに、Minhashアルゴリズム(リンク)を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能…

複数のトランスクリプトーム解析からコア遺伝子を探索するGET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…

Pacbioロングリードのシミュレーター PBSIM

2019 7/28 condaインストール追記 PBSIMはPacbioリードのシミュレーションを行うツール。ユーザーの持っているPacbioデータをもとにリードの長さやクオリティをシミュレートすることもできるため、実際の解析に適用しやすい。 インストール GitHub - pfaucon…