macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ANI

たくさんのスモールゲノムを比較したり、複数メタゲノムアセンブリのde-replicationを行う dRep

メタゲノム研究により、シーケンシングされ、ドラフト品質ゲノムが解読される微生物ゲノムの数は毎年急速に拡大している。大きなゲノムセットを包括的に比較するための迅速なアルゴリズムが開発されているが、ドラフト品質のゲノムでは正確ではない。ここで…

Kostabl labのANIやAAIを計算するwebツール (enveomicsコレクションの一部)

ゲノムおよびメタゲノム解析は、生物学的研究のいくつかの分野でますます一般的になってきているが、頻繁に繰り返される特殊な分析は、論文のpublish後にはほとんど利用できないin-houseスクリプトとして報告されている。著者らは、微生物ゲノミクスおよびメ…

MinHashを使った高速なANI計算ツール fastANI

さまざまな生態学的背景と進化の歴史を持つ原核生物ゲノムのコレクションが公開されている。このゲノムデータの大洪水は、微生物生態学と進化における重要な問題をより堅固に評価する機会を提供し、大きなゲノムデータの分析のための既存のバイオインフォマ…

gANIを計算するツール ANIcalculator

微生物は数と多様性の両方で生命の樹木を支配しており、その自然分類を困難かつ重要なものにしている。動物では、種は一般に交配可能な生物群と定義されるが(biological species concept)、この定義は無性生物の集合体に直接適用することはできない。結果…

ANItoolsをwebで実行できるANItools web

単離されたバクテリア株の迅速かつ正確な分類は、医療微生物学、特に全国的または全世界的な広がりの脅威を伴う感染症発症中の最も重要な課題である(論文より ref.1)。しかし、現在の分類方法はすべて、表現型の類似性や化学的性質に基づく方法のみならず…

MinHashを使いfasta / fastqから生物種を高速推定する BBSketch

以前このブログで紹介したBBtoolsに、いつのまにか、Minhashアルゴリズム(リンク)を使ってわずか数秒でゲノムなどの大きな配列を比較し、トップヒットを返してくれる機能が実装されている。Biostarsに使い方が載せてあったので、紹介しておきます。 BBtool…

RNAのクラスタリングを行う GET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正 GET_HOMOLOGUES-ESTは似た配列をクラスタリングできるツールで、GET_HOMOLOGUESのforkとして開発された。植物のRNAやcDNAをターゲットにしており、塩基の相同性をBLASTNで調べ、その結果をクラスタリングして出力する。またPan-gen…