macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2018

Haplotigsを追い出してPrimary contigsを出力する Purge Haplotigs

第三世代の1分子シーケンシングにおける最近の進歩は、非常に高いレベルの連続性と完全性を持つde novoゲノムアセンブリを可能にした。さらに、最近の「diploid aware」なゲノムアセンブラの進歩により、高度にヘテロ接合した二倍体ゲノムアセンブラの品質…

mito-finder

核内ゲノムをアセンブルしている間に、Falconやcanu、その他の素晴らしいアセンブラはミトコンドリアゲノムのアセンブルに完全に失敗しているか、ミトコンドリアゲノムのアセンブルを誤っていることに気がついた。ミトコンドリアゲノムが入力DNAの大部分より…

複数リファレンスゲノムを使用したコンティグのスキャホールディングツール Multi-CSAR

ショートリードからゲノム配列をアセンブリするプロセスの重要なステップの一つに、ドラフトゲノム中のコンティグを順序付け、方向付けを行うスキャフォールディングがある。現在、単一のリファレンスゲノムをベースにしたいくつかのスキャフォールディング…

ジッタープロットを作成する SinaPlot

データ駆動型サイエンスの最近の発展により、研究者は複数のソースからのデータを、多様な実験手順やデータベース上で統合するようになった。特にデータポイントの数がクラス間で異なる場合、データを正確に可視化する上で大きな課題となっている。サンプル…

最小スパニングツリーの計算と視覚化を行う GrapeTree

2020 6/5 誤字修正 2020 6/8 追記 7つのハウスキーピング遺伝子に基づくレガシーMLST(multilocus sequence typing)は20年前に導入され(Maiden et al. 1998)、現在では多数の細菌病原体の特徴付けに日常的に使用されている(Jolley and Maiden 2014)。MLSTは、…

糖質活性酵素(CAZymes)のアノテーションを行うdbCAN2 webサーバーと、ローカルでアノテーション を行う run_dbcan

炭水化物は、核酸、タンパク質、脂質とともにすべての細胞に存在する4つの主要な生体高分子の1つである。炭水化物には、単糖類、オリゴ糖、多糖類がある。糖タンパク質や糖脂質などの他の生体高分子に糖質が共有結合したハイブリッド生体高分子は、糖質複合…

インタラクティブな主成分分析webサービスによってRNA seqデータを分析する PCAGO

過去10年の間に、全トランスクリプトームのシークエンス(RNA-Seq)は、多様な分子機構を理解し、様々な生物学的問題に取り組むための強力な技術として浮上してきた。RNA-Seq実験の初期段階では、異なる遺伝子発現レベルに基づいた生物学的サンプルの初期特…

GO annotation分析ウェブサービス WEGO2

2020 4/26 タイトル修正 WEGO (Web Gene Ontology Annotation Plot) は、2006年に発表された、GO (Gene Ontology) のアノテーション結果を可視化、比較、プロットするためのシンプルで便利なツールである。ハイスループットシーケンシングの急速な発展とGOの…

パスウェイデータベース間の共通性を探索、分析、キュレーションする ComPath

パスウェイは生物系の解析や表現に広く利用されているが、明確な境界線がなく、多数のデータベースに分散しており、相互運用性がないため、それらの間の網羅性、一致性、不一致を評価することができない。本研究では、データベース間のパスウェイマッピング…

メタゲノムの機能プロファイリングを行う HUMAnN2

2020 4/19 流れを修正 2020 4/21 biom出力とh5pyインストール追記 2020 ステップ2のコマンド修正 微生物群集の機能プロファイルは、通常、包括的なメタゲノムやメタトランスクリプトーム配列の検索を用いて作成されるが、これらの検索は時間がかかり、偽の…

トキシン・アンチトキシンデータベース TADB 2.0

トキシン・アンチトキシン(TA)系は、最初はプラスミド中毒(addiction)モジュールとして同定されたが、ほとんどの自由に生きている細菌の染色体上に非常に豊富に存在する。TA系は、栄養飢餓(ref.1,2)、プログラムされた細胞死(ref.3)、バクテリオファージ…

可変数のタンデムリピート(VNTR)をジェノタイピングする adVNTR

全ゲノムシークエンシングは、臨床パイプラインでメンデルバリアントを同定するために使用されることが多くなってきている。これらのパイプラインでは、より複雑な繰り返し配列のバリアントを無視して、一塩基変異(SNV)や構造変異に焦点を当てている。ここ…

blast結果をインタラクティブなヒートマップで視覚化する BLASTmap

植物と病原体の相互作用の結果を決定する多数の遺伝子が現在発見されている。たとえば、免疫受容体、感受性因子、病原体エフェクター、およびそれらの宿主標的など。ターゲットエンリッチメントシーケンスは、遺伝子型固有のゲノムアセンブリを最初に生成す…

インタラクティブなヒートマップを描く heatmaply

2020 2/29 誤字修正 クラスターヒートマップは、高次元のデータを視覚化するための一般的なグラフィカルな方法である。その中で、数値のテーブルは、色付きセルのタイル状のマトリックスとしてスケーリングおよびエンコードされる。マトリックスの行と列は、…

KEGGのパスウェイアノテーション結果を視覚化する KEGG-Decoder

2020 2/25 わかりにくい説明を修正 好気性非酸素発生型光合成生物(AAnP)は海洋環境で一般的であり、光従属栄養活動に関連している。現在までに、炭素固定の可能性を持っているAAnPは、表層海洋では確認されていない。 Tara Oceansメタゲノムデータセットを…

オルソログのPhylogenetic profiles分布を視覚化する PhyloProfile

Phylogenetic profilesは、種間の遺伝子の有無パターンを捕捉する(Pellegrini et al、1999)。特定の種にオルソログが存在することは、対応する機能も表されていることの証拠となることがよくある(Lee et al、2007)。さらに、2つの遺伝子がそのPhylogenet…

バクテリア(パン/メタ)ゲノムのグラフを構築する ptolemy

比較ゲノム研究における長年の制限は、リファレンスゲノムへの依存である。これにより、生物集団全体で特定できる遺伝的多様性のスペクトルを妨げる。これは、ゲノムアーキテクチャが大幅に異なる可能性のある微生物の世界で特に当てはまる。したがって、リ…

最新のデータベースを使ってメタゲノムのリードのtaxonomic assignmentを行う ganon

リファレンスおよびtaxonomyに基づくショートリードの分類は、メタゲノムの基本的なタスクである。 シーケンス後に行うことができる環境サンプルからの各リードの起源の定義は、通常は量の推定、プロファイリング、およびアセンブリ前の最初のステップである…

2アセンブリ間の配列の有無を調べる scanPAV

遺伝的変異の完全なカタログについては、SNP /indelおよびCNVとともに遺伝的多様性および多様性のソースとして、Presence-Absence Variations(PAV)を含めることが重要である。このノートでは、一対のゲノム比較のための新しいアルゴリズムであるscanPAVを…

MPI Bioinformatics ToolkitのHHpredとMODELLER webサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)は、タンパク質バイオインフォマティクス分析のための無料のワンストップWebサービスである。現在、相互接続された34の外部ツールと内性ツールを提供しており、その機能には、配列類似性検索…

メタゲノムアセンブリから真核生物由来配列を予測する EukRep

真核微生物は生態系機能の重要な貢献者である。微生物群集の中の真核生物を特定するために遺伝子調査またはDNA「バーコード」が頻繁に使用され、真核生物の多様性の幅が示されている(Pawlowski et al、2012)。ただし、これらのアプローチでは種を検出する…

オルガネラゲノムのアノテーションを行うwebサービス AGORA

生物学のビッグデータにとって、次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーは注目すべき時代であり、生物学のハイスループットゲノムデータの蓄積につながっている。生物学者がさまざまな生物から高スループットのゲノムデータを取得できたとしても、ゲノムア…

バクテリアゲノムをリファレンスフリーで素早く分析する SKA

細菌性病原体のゲノムシーケンスは、疫学者の防具の重要なツールになりつつある。パルスフィールドゲル電気泳動やMLSTなどの従来の分子タイピングアプローチよりも特異性と感度が向上し、遺伝子型の抗微生物薬耐性予測などの疫学関連データも提供される。た…

HMMER web server

シーケンスの類似性を検出するためのプロファイル隠れマルコフモデル(HMM)の使用は広く普及している。それらの人気は、いくつかの関連およびアラインされた配列を使用してプロファイルHMMを構築できるという事実に由来し、それを使用して大きなシーケンス…

ロングリードのマッピングから逆位を検出する npInv

DNAのセグメントの向きが、染色体の残りの部分と比較してその先祖から反転している逆位多型(Inversion polymorphisms)は、ショウジョウバエの異なる系統のハイブリッドにおける染色体間の組換えの抑制因子として、スターテバントによって1917年に最初に発…

publication品質の近傍遺伝子描画webサービス Gene Graphics

遺伝子近傍の検査は比較ゲノミクスの不可欠な部分だが、遺伝子クラスターのpublication品質のグラフィックスを作成するツールはない。 Gene Graphicsは、このようなビジュアルを作成するための簡単なWebアプリケーションである。サポートされている入力には…

全ゲノムシーケンスしたバクテリア/アーキアのゲノム配列のblastサービス BLAST-XYPlot Viewer

現在、数千の完全にシーケンシングされた細菌および古細菌のゲノムが公開リポジトリで利用可能であり、この数は急速に増加している。この情報は、徹底的な比較ゲノム研究の達成を可能にする。配列類似性を検索するために最も広く使用されているツールの1つは…

ゲノム上でクラスターを形成する遺伝子群を探すwebサービス Cluster Locator

遺伝子は真核生物のゲノムに沿ってランダムには配置されていないことが十分に確立されている(Feuerborn and Cook、2015; Hurst et al、2004)。これまでに研究されたすべての真核生物で、遺伝子の位置と遺伝子発現、遺伝子機能または量的形質の間の多様な相…

NCBI submission用にGenBankをテーブル形式に変換する GB2sequin

一般的なウェットラボのユーザーは、ベクターNTI Advance(Life Technologies、Invitrogen、Carlsbad、CA、USA)またはLasergene SeqBuilder(DNASTAR、Madison、WI、USA)などの市販のシーケンス可視化およびアノテーションソフトウェアを使用して、プラス…

リファレンスベースのアセンブリやアノテーション情報のliftoverを行う RGAAT

シーケンシング技術の開発により、さまざまな種のゲノムを取得することが容易になっている。 NCBIゲノムデータベース(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/browse#!/)では、最大で4963の真核生物、125,679の原核生物、12,952のウイルス、10,916のプラスミ…