macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

系統解析

メタゲノムデータ間の類似性を計算し可視化する metafast

最近、コンピュータ生命科学者たちは、利用可能なショットガンメタゲノミックデータセットの量が驚異的に増加するのを目の当たりにしている。データ分析の次元性を低下させるという課題は、メタゲノムの統計分析の第一の要求である。これには、分類学的およ…

Genomic islandsを検出し視覚化する IslandViewer

ゲノムアイランド(GIs)は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される(wiki)。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ(論文より ref.1,2)内のバクテリアおよびアーキアの適応度…

rRNAのコンタミを除く SortMeRNA

SortMeRNAはメタトランスクリプトームやメタゲノムのシーケンスデータからrRNAを高感度に検出し、フィルタリングするツール。出力はfasta、fastq、アライメントのsam、またblastライクな出力も可能である。Illumina, 454, Ion Torrent and PacBioのシーケン…

SNVをコールしたり、全ゲノムのマルチプルアライメントを行う Snippy

Snippyはバクテリアのゲノムのマルチプルアライメントを行なって、SNV、indelをコールするツール。バリアントに基づいた系統解析を行う時などに使うことができる。 公式ページ http://www.vicbioinformatics.com/software.snippy.shtml マニュアル(README.m…