macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ゲノム比較 (comparative genomics)

CIRCOS トレーニング

circosは多様な機能を備えたゲノムのビジュアル化ツールである。類似ソフトにDNA plotter、genome diagram、snap geneなどがあるが、機能の豊富さではcircosが抜きん出てる。circos独自の機能として、遺伝子の相関や相同性を線で表現してlinkageを表す機能が…

ゲノム比較ビューア Artemis comparison tool (ACT)

2019 2/13 condaインストール追記 2020 2/25 コメント追加、3/9 インストール方法変更、5/1 使用例追記 2021 1/8 インストール方法変更(blastを追加)、5/23 インストール手順の誤字修正 2023/10/24 biopythonのインストール方法変更 Artemis comparison tool…

Artemis使用法

2020 3/1 リンク追加 Artemisはサンガー研で開発されたゲノムデータをビジュアルで見れるソフト。ゲノムのデータ(genebakファイルなど)を読み込ませると、遺伝子単位まで拡大して確認できる。ダウンロードはここから http://www.sanger.ac.uk/science/tool…