macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

複数のリファレンスを使い精度を上げたReference-assisted assembly Multi-CAR

 

リファレンスを足場として使い、コンティグからドラフトゲノムを構築するツールがいくつか提案されているが、ターゲットと参照するゲノムとの間に再編成が起きていたり、系統関係が遠いと誤ったスキャッホールドを生成する可能性がある。これは、単一のリファレンスがドラフトゲノムの構築に十分ではないことを示唆している。Multi-CARは、単一のリファレンスを使用するCARを改良し、複数の完全なゲノムを使用してコンティグをより正確に並べ換える方法論。論文中では、複数のリファレンスを使うRagoutおよびMeDuSaと原核生物のデータを使った比較を行い、感度、精度、ゲノムカバレッジ、スキャフォールド数、N50でより優れていることを示している。初代のCARと同じくwebサーバー版が提供されている。

  

CAR


 exampleデータでランする。

f:id:kazumaxneo:20180205234207j:plain

  

Dot plot

f:id:kazumaxneo:20180205234614j:plain

アセンブル結果もダウンロードできます。

 

Ragoutは以前紹介しています。

http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/28/001308

 

引用

Multi-CAR: a tool of contig scaffolding using multiple references.

Chen KT, Chen CJ, Shen HT, Liu CL, Huang SH, Lu CL.

BMC Bioinformatics. 2016 Dec 23;17(Suppl 17):469.