macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

バクテリアなどのスモールゲノムの比較結果を可視化する BRIG

2018 9/22 タイトル修正

 

BRIG(BLAST Ring Image Generator)はゲノム比較のためのツール。blast(blastn、blastp、blastxなど選択可能)を行い、ホモロジー解析結果をリング状の図に出力することができる。ゲノムサイズは20Mまで対応しているらしい。javaGUIプログラムなので、javaとblastさえインストールされていれば特別なコマンド知識がなくても利用できる。

 

 

チュートリアル

http://brig.sourceforge.net/brig-tutorial-1-whole-genome-comparisons/

 

ダウンロード

SourceForge

https://sourceforge.net/projects/brig/

マニュアルPDFも同封されている。

本体 Github


 

ラン

オーサーらが準備したexampleデータを解析してみる(リンク)。

ダウンロードしたファイルを解凍しておく。

f:id:kazumaxneo:20171002214541j:plain

BRIG.jarをダブルクリックして起動する。

f:id:kazumaxneo:20171002215058j:plain

 

ReferenceにBRIG_examples/Chapter5_6_8_wholeGenomeExamples/BRIGExample.fnaを選択。

f:id:kazumaxneo:20171002215122j:plain

 

Query folderにBRIG_examples/Chapter5_6_8_wholeGenomeExamples/を選択。

f:id:kazumaxneo:20171002215300j:plain

 Add to data poolをクリックしてフォルダ内容を追加。

OutputはBRIG_examples/にした。BLASTは空白でO.K。Nextをクリック。

 

Insert new ringをクリックして、描画したいデータ分だけリングを追加する(GC plotも1つのリングとみなされる)。

f:id:kazumaxneo:20171002215631j:plain

Legend textは"GC content"とする。

真ん中のウィンドウのGC Contentを選択し、その下のAdd dataボタンを押す。これでring1にはGC contentが割り振られた。同様に、ring2-6にもデータを追加する。

 

マニュアル通り指定する。

f:id:kazumaxneo:20171002220806j:plain

 

最終的にこうなった。

f:id:kazumaxneo:20171002220749j:plain

 

PreferenceからBRIG optionsを選択。

f:id:kazumaxneo:20171002221438j:plain

defaultだと出力に余白がないので、HeightとWidthを2800くらいまで上げておく。

f:id:kazumaxneo:20171002221505j:plain

Save & closeをクリックし、さらにNextをクリック。

 

出力フォルダとファイル名を指定する。/Users/user/Downloads/BRIG_examples/outputとした。

f:id:kazumaxneo:20171002221706j:plain

Submitする。

 

f:id:kazumaxneo:20171002221738j:plain

2800x2800だといい感じで余白ができます。

 

追記; 複数のクロモソームには対応していないようです。1つ1つ比較する必要があります。

 

 

引用

BLAST Ring Image Generator (BRIG): simple prokaryote genome comparisons

Nabil-Fareed Alikhan,1 Nicola K Petty,1 Nouri L Ben Zakour,1 and Scott A Beatson

BMC Genomics. 2011; 12: 402.

 

関連

kazumaxneo.hatenablog.com