macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

taxonomic assignment

メタゲノムのraw fastqから高速なtaxonomy assignmentを行う FOCUS

微生物は他のどの細胞生物よりも豊富であり(Whitman、Coleman&Wiebe、1998年)、どの生物が存在し、それらが何をしているのかを理解することが重要である(Handelsman、2004)。多くの環境では、微生物群集の大多数は培養できず、メタゲノムは未培養のゲノ…

種の形質をコレクションするデータベース Traitpedia

種はそれらの遺伝子型および表現型によって一義的に定義することができる。この遺伝子型および表現型は非常に密接に絡み合っており、追加の環境コンポーネントがこの関係の広い理解を複雑にしている。表現型、または形質は、生物の遺伝情報にある程度依存し…

メタゲノムのアセンブリcontig.fastaに精度の高い系統情報をアサインするCATと、binned.fastaに精度の高い系統情報をアサインするBAT

2019 2/15 タイトル修正 2019 2/26 コマンドの誤り修正 メタゲノミクスは、自然環境における微生物群集からのDNAのダイレクトシーケンシングであり、生物圏の膨大な微生物配列を発見することによって微生物学の分野に革命をもたらした。 DNAシーケンシングの…

メタゲノムデータからrRNAをターゲットアセンブリし、系統アサイン、定量、比較する phyloFlash

2019 5/9 インストール追記 ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の機能を調査し、それらの系統または分類学的な構成を決定するための強力なツールである(Preprintより ref.1、2)。プライマーバイアス(ref.3)やキメラ配列(ref.4、5)など、PCRベー…

植物RNA seqシーケンシングデータからvirusリードを検出する kodoja

Kodojaはk-merプロファイリングを使用してRNA-seqまたはsRNA-seのfastq/fasta生データからウイルス配列を特定するツール。 k-merを用いた系統分類ツールKrakenとおよびタンパク質レベルでの配列マッチングのKaijuを組み合わせている(Burrows-Wheeler変換し…

k-merベースのスケーラブルなメタゲノムの全配列比較ツール Libra

ショットガンメタゲノミクスは、微生物群集の生物多様性と機能に対する強力な洞察を提供する。しかしながら、メタゲノム研究からの推論は、データセットのサイズと複雑さや既存のデータベースの可用性と完全性によって制限される。 de novo比較メタゲノミク…

NCBIデータベースをダウンロードする ncbi-blast-dbs

2018 12/10 タイトル訂正 ncbi-blast-dbsはデータベースファイルを並行してダウンロードすることで、NCBIのデータベースをローカルに用意するのにかかる時間を短縮する。使用するスレッド数は自動的に決定される。 MD5チェックサムが検証され、ダウンロード…

メタゲノムデータのtaxonomy assignmentを行う k-SLAM

微生物群集から直接抽出されたDNAの研究は、全ゲノムショットガンシーケンシングによって革命を起こした。バクテリア、ウイルス、真菌の種から数十億の短いDNA配列をサンプリングする能力は、多様な生態系の分類学的構成ならびにその中で起こっている過程を…

複数のbiningツールを統合し、包括的なメタゲノム解析を行うパイプライン metaWRAP

2018 10/7 タイトル修正 2018 10/8 説明追加 2018 10/8 step5エラー修正 2019 1/22 データベース作成ケアレスミス修正 2019 4/15 ヒートマップ追加 全メタゲノム(WMG)ショットガンシーケンシングによる微生物群集の研究は、それらの分類学的組成に加えて、…

小メモリで高速にtaxonomy assignmentを行う metacache

メタゲノム研究の例として、ヒト腸のシーケンシング解析(Korpela et al、2016)、ヒトの皮膚(Bzhalava et al、2014)、水生生態系(Bork et al、2015)、食物(Ripp et al、2014 )、土壌(Fierer et al、2012)および空中の微生物(Barberánet al、2015)…

メタゲノムを分類し、結果を可視化する Taxonomer

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…

メタゲノムのリードの系統アサインメントを行う Centrifuge

2019 1/17 タイトル修正 2019 4/16 condaインストール 2019 4/19 ダウンロード方法追記 2019 5/9 パラメータ追記 2019 5/13 test追加 アーキアやバクテリアなどの微生物は、土壌や海洋から温泉や深海に至るまで、事実上あらゆる場所で発見されている(Keller…

タンパク質を使って高感度にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う kaiju

2018 10/7 タイトル修正 2018 11/20 conda追加 2018 12/12 テスト追記 2019 4/26 データベース追記 ランダムDNAショットガンシーケンシングを使用すると、実験室培養を必要とせずに環境サンプルから全ゲノムDNAを直接得ることができる。この「メタゲノミック…

小メモリで高速にメタゲノムのtaxonomy assignmentを行う metaOthello

2018 10/7 タイトル修正 Metagenomicsとは、興味ある環境から得られたゲノム研究であり、例えばヒトの体内(Huttenhower and Human Microbiome Project Consortium、2012)、海水(Venter et al。、2004)、酸性雨排水(Tyson et al 、2004)などが例として…

kallistoを動かしメタゲノムからウィルスゲノムを高速に検出・定量する FastViromeExplorer

伝統的なウイルス同定法は単離および培養に依存しており、時間がかかるだけでなく、多くのウイルスおよび宿主が培地で増えないため実行不可能なことも多い。 2004年に登場したNGSの技術により、ウイルスとその存在量を迅速に測定することが可能になった。ウ…

メタゲノムデータの高速なtaxonomy assignmentを行う kraken

2018 10/6 タイトル修正 2018 11/17 簡単なテスト追加 2019 4/12 dockerリンク追加 krakenは2014年に発表されたメタゲノムデータの分類手法。fastqまたはfastaの入力からk-merの配列に分解し、構築したデータベースにアライメントを行う。BLASTと同等の精度…

MetaPhlAn2によるメタゲノムデータの解析

2019 5/17 condaインストール追記 MetaPhlAn2は、メタゲノムシーケンスデータから、どのような生物がどのくらいの割合でいるのか評価するツールである。種の同定が可能なのは、著者らが要した100万以上のマーカー遺伝子が生物と紐付けされていて、そのデータ…