macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

phage

バクテリアゲノムからプロファージを予測してアノテーションをつける DBSCAN-SWA

2020 8/21 追記と修正 ファージは、細菌宿主ゲノム中のバクテリオファージの細胞内形態として、通常、高い特異性を持って細菌のDNAに組み込まれ、水平遺伝子導入(HGT)に寄与している。ファージを用いて細菌を死滅させ、病原性細菌感染症や耐性細菌感…

ゲノム配列からウィルス配列を同定してアノテーションをつける VIBRANT

細菌や古細菌に感染するウイルスは世界的に豊富であり、ほとんどの環境で宿主の数を上回っている [ref.1,2,3]。ウイルスは、感染時に宿主細胞の代謝状態を再プログラムすることができる義務的な細胞内病原性遺伝要素であり、多様な環境下で毎日20~40%の微…

メタゲノムアセンブリのウイルスゲノム品質を評価する CheckV

2020 5/9 誤字修正 ここ数年の間に、メタゲノミクスにより何百万もの新しいウイルス配列のアセンブルが可能になり、地球上のウイルスの多様性に関する知識が大幅に拡大した。しかし、これらの配列は小さな断片から完全なゲノムまで様々であり、その品質を推…

バクテリア(パン/メタ)ゲノムのグラフを構築する ptolemy

比較ゲノム研究における長年の制限は、リファレンスゲノムへの依存である。これにより、生物集団全体で特定できる遺伝的多様性のスペクトルを妨げる。これは、ゲノムアーキテクチャが大幅に異なる可能性のある微生物の世界で特に当てはまる。したがって、リ…

UniprotのID変換webサービスを使い、UniProt accessionsからタンパク質のアノテーションを得る

2020 2/4 追記 UniProtのRetrieve/ID mappingサービスを使用すると、UniProt accessions IDからGenbankの配列、PDBのID、Entrez Gene ID、GI nnumber、タンパク質のアノテーションなどに変換できる。 Converting UniProt identifiers to external identifers…

メタゲノムのアセンブリ配列からファージやプラスミドを予測する PPR-Meta

Mobile genetic elements(MGE)として知られるファージとプラスミドは、原核生物や真核生物の間で遺伝情報を交換するとともに、水平遺伝子伝達(HGT)の主要な参加者である[ref.1]。そのようなエレメントは、宿主と相互作用することによって微生物群集を調…

メタゲノムシーケンシングリードをアセンブリしてvirusゲノム配列を探す自動パイプライン virMine

真核生物および原核生物とは対照的に、ウイルスゲノムはごく一部のみがシーケンシングされ特徴付けられている。ウイルスのメタゲノム研究は、地球上でのウイルスの多様性についての理解を深めるうえで極めて重要である。海水(Breitbart et al、2002; Yoosep…

メタゲノムのファージ配列分析webサーバー VirMiner

2019 6/15 誤字修正 ウイルスは、それらの恒常性および進化に寄与する微生物群集の必須の構成要素である。ヒトの腸内細菌叢のウイルス群集はバクテリオファージが支配的である[ref.1]。ファージは遺伝子水平伝播(HGT)[ref.2]によって細菌群集の構造と機能…

ファージゲノムのORFを予測する PHANOTATE

2019 5/30 タイトル修正、関連ツール追加 バクテリアに感染するウイルスであるファージは、バイオインフォマティクスに独自の課題をもたらす。どのくらいの量のDNAをキャプシドにパッケージングすることができるかには限界があり、したがってファージゲノム…