…ash Scheme Allows Ultra-fast and Accurate Genome Search and Comparisons Jianshu Zhao, Xiaofei Zhao, Jean Pierre-Both, Konstantinos T. Konstantinidis bioRxiv, Posted March 14, 2024. 関連 MinHashスケッチで数百万個のバクテリアゲノムの高速クラスタリング解析を可能にする RabbitTClust

…ノムクラスターツールRabbitTClustを紹介する。本手法は、次元削減技術とストリーミング、最新のマルチコアプラットフォーム上での並列化を組み合わせることで、大規模データセットの効率的な処理を可能にする。113,674の完全長細菌ゲノム配列（RefSeq: 455 GB in FASTA format）を6分以内に、1,009,738のGenBankアセンブル細菌ゲノム（FASTA format 4.0 TB）を128コアのワークステーションでわずか34分以内にクラスタリ…