インストール
mac os10.13のPython 3.6.2 :: Anaconda 3-5.0.0 でテストした。
本体 GIthub
pip install fastq-anonymous
#Anaconda環境なら
conda install -c bioconda fastq-anonymous
> fastq-anonymous -h
$ fastq-anonymous -h
usage: fastq-anonymous [-h] [-v] [-m]
Change the sequence of a fastq file to enable sharing of confidential
information, for troubleshooting of tools.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version Print version and exit.
-m, --mask Mask all nucleotides using N
ラン
fastqを指定する。
cat reads.fq | fastq-anonymous > anonymous_reads.fq
- -m Mask all nucleotides using N
ヘッダー名が匿名になり、配列もランダムに置き換えられる。クオリティ、リード長、リード数は維持される。
$ head anonymous_reads.fastq
@dummy0
GACCAGCACCTCGACCGGTCGCTGTGCTCAGAGACTTTATGCGCAAGTTAGCCGTCTTCCCTCCTGTTTGGTTACGTCCGCAGGTCGGGATCACATTCAGATGGATCGGAGCCCGCCACGATGTGAATTAAGCCCGATTTCGCAGGTCGACATAAGTGTTGTTATCTGCAACCCGCTGTAATTGTGACGTAGGTCTCTCCCCAACCATGCACCACGAAATTGTAACAACGTCGGATCATACGCAACTTGT
+
#9GGEF=CG*GFG?G#=G1#GGGGGG#G#GGEG;#GGGFGGGCG?GCGGGEEGGGFGDGGGG8GFGGGFGGGGGGFFGGGCGG*GFGG@FAGGGGEFGGGFGGFGGGG?GGGGG?EGGFGGG+3GGGFGGGCFGGEGGGGE,FGCGGGDGGGGGCGGCGGGGGGGCGGFGGGGGGEGGCGFGGGGGGG,GGGGGGGF:GGGFGGGGFGGGGGGGGGEGGGFGGGFGCFGGGGGGGGFGGGGGGGGCCCCC
@dummy1
GATTTTAGTCGCCACGAGTTCCTTCCTCATGATATTTGGTCAGCTTTTCTGATATGCAACTGCCACTGCAACTCATAGCCAGCATCAGCCTCGCCACGGCCCCACATGTAGCACACTGTGCAGCGTGCTATTGGACTACGAGTCCCCCTCGAGTTGGACACCCCACGAGTTCAGGAGGCCAGGGCTACTATCCCAAACGGTGGTCGGATCCTGCACGTGGCCGGAAACAGAAATCAAACAATTTGCACAC
+
G27GGEGG<GGGGGGA+GGGG#GE2C##G*GAG+GFGGGGGGGFC>GGCGGGGGCGGGGG*GGGGCGBFGGGGGG1GGFGFGGGGGGGFGGGGGGGGGG<GFCFGGF,GGGGGGCGGGGGGGGGGGGGGGGFGGBFGGGGGCFB<=GGGGGFGGGGGGGG=GGGGGFFGGFGGGGGCGGGFGGGFGGGGGGGGCGGCGCGGGFABCGG@GEGGCGGGGGGGG,GGGGDGGGCGGGGCGGCGGCGGC@CCC
gzip圧縮のfastqを使う場合、解凍して読み込む。gzip圧縮して出力する。
gunzip -c reads.fastq.gz | fastq-anonymous | gzip > anonymous_reads.fastq.gz
引用
