Viruses
現在のシーケンシンでは、NGSのリードのアラインメントはbwa（http://bio-bwa.sourceforge.net）やbowtie（http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml）などのアライナを使用して行われる。 これらのアライナは高速で、大きな真核生物ゲノムの…
2019 5/14リンク追加 2019 5/30 インストール追記 ConsensusFixerはjavaコマンドラインアプリケーション。virusのウルトラディープNGSのアライメント（インフレーム挿入とあいまいなヌクレオチドを含む）からコンセンサスシーケンスを計算、出力する。Europe…
次世代シーケンシング（NGS）の台頭により、メタゲノムは微生物生態学におけるゴールドスタンダードとなった。その限界、主にウイルス間の普遍的なマーカー遺伝子の欠如にもかかわらず、ウイルスメタゲノミクスはウイルス発見のための主要なツールとなってい…
ヒト免疫不全ウイルス1型（HIV-1）療法の分子標的は逆転写酵素（RT）、プロテアーゼおよびインテグラーゼを含む。これら遺伝子は臨床ラボで最も一般的にシーケンシングされた遺伝子の1つである。多くの国で、これらの遺伝子は、HIV-1薬物療法を開始する前の…
2018 12/10 タイトル訂正 2020 9/7追記2020 9/11 わかりにくい説明を修正、9/11 簡単な並列処理例追記、9/12.9/15 taxonkit コマンド修正, わかりにくい部分を修正、10/3 taxonkitのコマンドを修正、10/10 コマンド微修正、10/28 誤字修正 2022 1/6 例のパラ…
2019 11/8 コマンドのミス修正（"Escherichia coli" => "Escherichia"） 2019 12/19 関連ツールリンク追加 タイトルの通りの機能をもつスクリプト。 インストール mac os10.13のminiconda2-4.0.5環境でテストした。 依存 本体 GIthub #anaconda環境ならconda…
多くのウイルス性病原体、特にRNAウイルスは、宿主内および宿主間で急速に進化しており、変化する状態への適応のマーカーがそれらのゲノムにおいて検出され得る（Lemeyら、2006）。ウイルス遺伝子型からの構造、機能および表現型予測は、ウイルス感染の薬物…
現在、いくつかの次世代シーケンシングマシンが病原体およびウイルスの研究に使用されている（Chabria et al、2014; Quin ones-Mateu et al、2014）。過去20年間に開発された多くの次世代シーケンシングプラットフォームおよびアプローチのうち、イルミナの…
2012年、世界保健機関（WHO）は抗生物質時代の終焉の始まりと、ささいな細菌感染でさえ致命的になる時代に戻りうることを発表した[論文より ref.3]。それ以来、抗生物質耐性の問題は増大し続けており、WHOレポート「Antimicrobial resistance: global report…
