macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

 

 SMARTdenovoは、PacBioおよびOxford Nanopore(ONT)データ用の新しいアセンブラ。 エラー訂正なしでリードをアライメントしてアセンブリを生成する。 

 SMARTdenovoはいくつかの独立したコマンドラインツールで構成されている:rawリードのall vs allのアライメントとオーバーラップのためのwtzmo、欠落オーバーラップを救済するwtgbo、低品質領域とキメラを識別するためのwtclp、およびより良いunitigコンセンサスを生成するwtcnsまたはwtmsa。 smartdenovo.plスクリプトは、これらのプログラムを一度に呼び出すための便利なインターフェイスを提供している。

 

インストール

Github

smartdenovo/README.md at master · ruanjue/smartdenovo · GitHub

 

git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo; make)

 

ラン 

サンプルデータのダウンロードと整形

wget -O- http://www.cbcb.umd.edu/software/PBcR/data/selfSampleData.tar.gz | tar zxf - awk 'NR%4==1||NR%4==2' selfSampleData/pacbio_filtered.fastq | sed 's/^@/>/g' > reads.fa

 

アセンブルしてunitigを出力する(unitig)。

smartdenovo/smartdenovo.pl reads.fa > wtasm.mak #アセンブル前の準備
make -f wtasm.mak #アセンブル

 

 

引用

https://github.com/ruanjue/smartdenovo/blob/master/README.md