macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Oxford Nanoporeリードのアセンブリ smartdenovo

 

 

Githubリンク

smartdenovo/README.md at master · ruanjue/smartdenovo · GitHub

 

 インストールからランまでの流れを見ていく。 

git clone https://github.com/ruanjue/smartdenovo.git && (cd smartdenovo; make)

gitでダウンロードし、カレントディレクトリから移動しないまま、一時的にsmartdenovoに入りビルドする。

 

サンプルデータのダウンロードと整形

wget -O- http://www.cbcb.umd.edu/software/PBcR/data/selfSampleData.tar.gz | tar zxf - awk 'NR%4==1||NR%4==2' selfSampleData/pacbio_filtered.fastq | sed 's/^@/>/g' > reads.fa

 

アセンブルしてunitigを出力する(unitig)。

smartdenovo/smartdenovo.pl reads.fa > wtasm.mak #アセンブル前の準備
make -f wtasm.mak #アセンブル

 

 作成途中