macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

venn diagram

(Omics向け) 従来のベン図表現を拡張する DiVenn

ハイスループットデータ技術の進歩により、詳細な分析なしに膨大な量の遺伝子発現データが生成されてきた。例えば、INVEX (Xia et al., 2013)、ExAtlas (Sharov et al., 2015)、そしてWebGIVI (Sun et al., 2017)などのいくつかのウェブベースの視覚化ツール…

OrthoVenn2

相同遺伝子(Homologous genes)は、主に2つのクラス、オルソログおよびパラログに分類できる。オルソログ遺伝子は、種分化イベント中の共通の祖先から発生し(ref.1)、通常、近縁種間ではsyntenicになる。パラログも共通の祖先を共有しているが、種内のシ…

共通 / 非共通の遺伝子リストなどをベン図やヒートマップで視覚化する intervene

次世代のシークエンシングベースのハイスループットアッセイによって生成されたトランスクリプトームデータ、ゲノムデータ、およびエピゲノムデータの効果的な可視化は、大きな関心の対象となっている。そのようなアッセイによって生成されたデータセットの…

インタラクティブなRNA seq解析webアプリケーション iDEP

2019 5/23 tweet追記 RNAシークエンシング(RNA-Seq)[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための日常的な技術となった。ますます低コストで、ライブラリー構築およびシーケンシングはしばしば標準的なプロトコルに従って実施することができる。多くの研究者、特…

トランスクリプトームのblast比較結果を統合し、ベン図を描く VennBLAST

ハイスループットシークエンシングは広範な技術となり、進化的研究を含む様々な研究分野でアクセス可能となっている。ゲノムが利用できない生物の転写産物をシーケンスし、注釈を付ける能力は、分子進化の分野における生物学者、特に非モデル生物を含むルー…

htmlベースでDGEリストからベン図を作成できるVennt

Venntは共通するDGEを図示するのによく使われるベン図を簡単に描画してくれるhtmlベースのツール。 公式ページ http://drpowell.github.io/vennt/ インストール Github https://github.com/drpowell/vennt brew install npm #npmがない人だけnpm install -g …