tree
著者らは、シロイヌナズナや他のモデル生物から得られた遺伝子機能に関する知識を、他の植物種に正確かつ効率的に伝達できるようにすることを目指している。このような知識移転は、植物の系統における個々の遺伝子やゲノム全体の重複のために、植物において…
2021
Preprint
secondary metabolites
gene cluster
docker
shannon diversity index
metagenome
ヒト腸内 (human gut)
Marine Metagenomics
tree
高速なツール
natural product
微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター（BGC）を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス（アミノグ…
2018
BMC Genomics
multiple sequence alignment (MSA)
ゲノム比較 (comparative genomics)
pangenome
SNV
orthologue
web tool
結果の視覚化 (visualization)
windowsツール
Frontiers in Microbiology
tree
2019 7/21追記 2019 10/2 コードエラー修正 2019 11/2 誤字修正 "PGAP-X: extension on pan-genome analysis pipeline"より パンゲノムの概念は2005年に提案されて以来[ref.1、2]、過去10年間でバクテリアゲノムの進化と動態を調査するために急速に採用され…
2017
Nucleic Acids Research
GO term
GO enrichment analysis
web tool
結果の視覚化 (visualization)
animal
fish
insect
tree
algae
amphibia
mammalia
fungi
2019 6/13 追記 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である（ref.1）。Biological processes（BP）、molecular functions（MF）、cell components（CC）に…
