macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

promoter

deeptools

deeptools2のペーパーより ハイスループットシーケンスデータのデータの分析は、引き続き研究者にとって大きな課題となっている。ハイスループットシーケンシングを用いた実験の多様性が急速に高まっているため、分析パッケージの数が増加し、洞察に富んだ視…

bedtoolsでpromoter配列を抽出する。

Biostarとbedtoolsの公式サイトに、bedtoolsを使ったpromoter配列の抽出の仕方がまとめられている(How To Use Bedtools To Extract Promoters From A Mouse Bed File)。試してみる。 このようなbedファイルの各featureの上流を抽出する。 user$ head -5 ge…