macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-genome

バクテリアの遺伝子配列を比較する LS-BSR

細菌単離株からの全ゲノム配列データが安価に入手できるようになるにつれ、配列データと生物学的観察結果を相関させる計算手法が必要とされている。ここでは、数百から数千の細菌ゲノムの遺伝的内容を迅速に比較し、調査した全ゲノムの全コーディング配列(C…

バクテリアゲノムの比較ゲノム解析を行うwebサービス EDGAR

Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteriaより 次世代シークエンシングアプローチの展開により、完全にシークエンシングされたゲノムの数は急速に増加している。その結果、単一ゲノムだけでなく、関連する大規模なゲノム群を比較的に解析する…

ラージデータセットのコアゲノムを高速に構築する CoreCruncher

コアゲノムとは、原核生物のある集団や種のすべての、あるいはほぼすべての系統が共有する遺伝子の集合を意味する。コアゲノムを推定することは多くのゲノム解析に不可欠だが、ほとんどの手法はすべてのゲノムのペアを比較することに依存している。ここでは…

パンゲノム解析を行う GET HOMOLOGUES

2020 5/28 追記 2020 10/5 タイトル修正 GenBank のような公開データベースに登録されているゲノムの数が増え続けていることから、種の遺伝子レパートリーを比較するためのツールが開発されている。このような比較には、種分化イベントの後に共通の祖先から…

パンゲノム解析を行う roary

2020 3/19 4/6 スクリプト修正 2020 3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記 2020 4/13 追記 2020 5/11 リンク修正2020 5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正 インストール手順追記 2020 5/27 コメント追加 2020 6/7 ML法のコマンド…