macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-genome

パンゲノム解析を行う GET_HOMOLOGUES

2020 5/28 追記 GenBank のような公開データベースに登録されているゲノムの数が増え続けていることから、種の遺伝子レパートリーを比較するためのツールが開発されている。このような比較には、種分化イベントの後に共通の祖先から発散したと仮定され、パラ…

パンゲノム解析を行う roary

2020 3/19 4/6 スクリプト修正 2020 3/19 4/10 サンプル数が多い時のオプション追記 2020 4/13 追記 2020 5/11 リンク修正2020 5/25 わかりにくい文章を修正、roaryのランコマンド修正 インストール手順追記 2020 5/27 コメント追加 2020 6/7 ML法のコマンド…