macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pan-genome

NGSデータまたはアセンブリからバクテリアやアーキアのtaxanomic assignmentを行い、ゲノムのnoveltyなどを評価する MIGA

Small subunit ribosomal RNA gene (16S)は、30年以上にわたり、原核生物種およびそのコミュニティの多様性をカタログ化および研究するために首尾よく使用されてきた。しかしながら、16S(論文より ref.1)によって効率的に評価することができない種および…

Pan-genome解析をwebで実行できる PanWeb

次世代シーケンシング(NGS)プラットフォームは、DNAシーケンシングの大きな進歩をもたらした。これは主に、イールドの向上と精度の向上、およびコストの大幅な削減によるものである[論文より ref.1,2]。 NGS技術のために、オンラインゲノムデータベース(h…

パンゲノム解析ツール PGAP

DNAシーケンシング技術の急速な発展に伴い、「Ten Thousand Microbial Genomes Project」や「NIH Human Microbiome Project(HMP)」(Peterson et al、2009)など多くの大規模な微生物ゲノムプロジェクトが処理されている。バクテリア全ゲノムシーケンスの…

RNAのクラスタリングを行う GET_HOMOLOGUES-EST

2018 9/27 引用の誤り修正 GET_HOMOLOGUES-ESTは似た配列をクラスタリングできるツールで、GET_HOMOLOGUESのforkとして開発された。植物のRNAやcDNAをターゲットにしており、塩基の相同性をBLASTNで調べ、その結果をクラスタリングして出力する。またPan-gen…