macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

mouse

(モデル生物 )MNase-seqやchip-seeのアラインメントを2D plotで視覚化する plot2DO

ヌクレオソーム、これは147 bpのDNAがA約1.7ターンでヒストンオクタマーに包まれる真核生物のDNAパッケージングの基本単位である(Luger、et al、1997)。標的部位へのDNA結合因子のアクセスは、これらの部位がヌクレオソームフリー領域(NFR)にある場合、…

パスウェイデータベース PathBank

2020 2/11 誤字修正 パスウェイマップは、分子生物学のロードマップである。ロードマップが村、町、都市間のつながりを示すように、パスウェイマップは遺伝子、タンパク質、代謝産物間のつながりを示す。よく描かれたパスウェイマップは、複雑な分子プロセス…

Ensemblのゲノムをダウンロードする pyensembl

PyEnsemblは、エキソンや転写産物などのEnsemblリファレンスゲノムメタデータのPythonインターフェイスである。 PyEnsemblは、Ensembl FTPサーバーからGTFおよびFASTAファイルをダウンロードし、ローカルデータベースにロードする。 インストール Github #bi…

(ヒトとマウス向け)VCFのアノテーションを行う Jannovar

全ゲノムシーケンス(WES)は、ヒトゲノムのタンパク質コーディングエクソンのターゲットシーケンスであり、新しいメンデル遺伝病遺伝子を特定するための強力で費用対効果の高い方法であり、診断環境でもますます使用されている[Bamshad et al 、2011; Robin…

ゲノム上でクラスターを形成する遺伝子群を探すwebサービス Cluster Locator

遺伝子は真核生物のゲノムに沿ってランダムには配置されていないことが十分に確立されている(Feuerborn and Cook、2015; Hurst et al、2004)。これまでに研究されたすべての真核生物で、遺伝子の位置と遺伝子発現、遺伝子機能または量的形質の間の多様な相…

NCBIのGenomic feature座標変換機能(Remap)

What is NCBI Remap? https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/tools/remap/docs/whatis About our alignments 紹介動画 使い方 Assembly-Assembly Coordinate remapping service: NCBIにアクセスする。 生物を指定する。ここではヒトを選択。 クリックして決定…

EnsemblのGenomic feature座標変換機能(CrossMap)

2019 8/22 リンクミス修正 Ensemblのゲノム座標変換ツールを紹介する。オンラインで使用できる。 使い方 Ensembl Tools https://asia.ensembl.org/info/docs/tools/index.html Assembly Converterを選択する。 またはEnsemblのモデル生物ゲノムページからCon…

ヒトとマウスの様々なアライナー用indexをダウンロードできる Refgenie

2019 8/15 リンク追記 2020 1/30論文追記 2020 8/28 実行例を一部修正 リファレンスゲノムの構築とキュレーションに多大な努力が注がれている (ref.1–5)。これらのリファレンスアセンブリは結果を比較するための共通の表現を提供し、それらはシーケンスアラ…

(ヒト、マウス向け)GO term enrichment解析を行う GOnet

ゲノムワイド研究のアウトプットは、通常、共有の発現パターンを示す遺伝子(またはそれらのタンパク質産物)のリストである。例えば、これらは、疾患の有無にかかわらずドナー群において差次的に発現される遺伝子、または生物学的サンプルの特定の画分にお…