large genome
2019 2/12スライド追加 Oxford Nanopore TechnologiesとPacific Biosciencesによって商品化されたロングリードの一分子シーケンシング技術は、高品質の新規真核生物ゲノムアセンブリを促進している[ref.1]。さまざまな動植物種でこれらの技術を使用している…
2018 10/26 タイトル修正 ゲノム全体のデノボアセンブリの主要な課題は、リピートを解決することである[論文より 1,2]。リピートは、ゲノムの複数の位置で生じるほぼ同一のゲノム配列に対応する。この課題に対処するために、主に2つのタイプのアプローチが提…
10/5 3stepコマンドの誤り修正 及びコマンド変更、コメント追加 正確で完全でアノテーションのついたゲノムは、種や個体の過去、現在、未来に関する豊富な情報を提供するため、医療や生物学の研究にとって非常に貴重なリソースとなっている[論文より ref.1]…
現代のDNAシーケンシング技術は染色体の全配列を読み取ることができない。代わりに、それらはゲノムの異なる部分からサンプリングされた多数のリードを生成する。低コストで高品質の第2世代シーケンシング（次世代シークエンシングまたはNGSとも呼ばれる）の…
近年のハイスループットシーケンシング（HTS）技術は、低コストで数百万の短いDNA配列（リードと呼ばれる）を生成するため、デノボアセンブリプロジェクトにとって魅力的である。しかしながら、これらのリードは数百bpの長さしかないため、アセンブラ（例え…
ドットプロットは、2組のシーケンスを視覚的に比較するために一般的に使用される。それらは挿入、欠失、逆位またはリピートを容易に理解できる方法で提示する。可変の線の太さ、線の形または色を使用して類似点の差異を表すことができる。産生されるゲノムア…
ヒトや他のギガベース規模のゲノムの正確なディープショットガンシーケンスは、今や控えめなコストで容易に利用可能になっている。これらのシーケンシングスループットの増加により、大規模かつ複雑なゲノム用のショットガンシーケンスを構築するための新し…
8/28,29 dockerコマンド等、分かりにくい部分を修正 2001年にヒトゲノムのドラフトバージョンが作成された後、800bpを超えるリード長を有する第1世代（すなわちSanger）シーケンス技術を使用して、多くのスモールゲノムおよびラージゲノムのシーケンスが決定…
第3世代シークエンシング技術は、アセンブリの品質を大幅に向上させた。 しかしながら、効率的なゲノムアセンブリアルゴリズムが欠如していることは、間違いなく第3世代シーケンス技術の普及への最大の障害となっている。高い誤り率は、ロングリードのアセン…
quickmergeは、ロングリード情報を使い、アセンブルのcontiguityを向上させるツール。特にロングリードのカバレッジがmodestな時にcontiguityが大きく向上するとされる。他のツールのアセンブル結果を入力ファイルとする。 インストール Github https://gith…
