macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

PLOS Computational Biology

ハイブリッドアセンブルを行うUnicycler

Unicyclerはショートリードのde novo asssembly、ロングリードのde novo asssembly、ショートリードとロングリードを両方使ったハイブリッドのde novo asssemblyに対応したアセンブルパイプライン。単離されたバクテリア向けに設計されており、真核生物のゲ…

SVを検出する wham

whamはsplit-read情報、soft-clipping情報、コンセンサス配列情報などを統合してSVを検出するSV検出の方法論。サイズの大きなSVも検出することが可能である。ダウンロードできるパッケージにはwhamとwhamgの2つのツールが入っている。2015年に発表された論…