macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Nature Scientific Reports

包括的なfunctional annotationを行うwebツール FunctionAnnotator

シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス(NGS)がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…

Functional annotationを行うwebサーバー GO FEAT

2019 8/17 タイトル修正 、tips追記 ゲノムデータおよびトランスクリプトームデータに生物学的意味を与えることは、特にハイスループットテクノロジーによって生成される大量のデータと、この目的のために開発されたツール、Webサーバー、およびデータベース…

ウィルス分類器 viruses_classifier

次世代シーケンシング(NGS)の台頭により、メタゲノムは微生物生態学におけるゴールドスタンダードとなった。その限界、主にウイルス間の普遍的なマーカー遺伝子の欠如にもかかわらず、ウイルスメタゲノミクスはウイルス発見のための主要なツールとなってい…

高速なラージゲノムのハイブリッドアセンブルツール DGB2OLC

第3世代シークエンシング技術は、アセンブリの品質を大幅に向上させた。 しかしながら、効率的なゲノムアセンブリアルゴリズムが欠如していることは、間違いなく第3世代シーケンス技術の普及への最大の障害となっている。高い誤り率は、ロングリードのアセン…

アライメントフリーでk-merデータベースから高速にバリアントを検出する FastGT

ゲノム変異の研究には、次世代シーケンシング(NGS)技術が広く使用されている。ヒトゲノムの変異は、通常、配列決定されたリードをマッピングし、次いでgenotypeのコールを行うことによって検出される(論文より ref.1-4)。標準的なパイプラインでは、rawシ…

巨大なプロテインファミリーのマルチプルアライメントを行うFAMSA

FAMSAは大規模タンパク質ファミリーのマルチプルアライメントを可能にするアルゴリズムを持つ方法論。CPUの並列化に対応しており、数千-数十万のタンパク質ファミリーの高速なマルチプルアライメントが可能になっている。 論文中では、オーサーが定義したお…