macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

IGV

IGVが重い時のtips

IGV

IGVにbamファイルを読み込むと重くて困ることがある。表示を軽くするためのtipsを書いておく。 bamを読み込んでリードが見えるまで拡大した状態。 view -> Preference 赤枠部分を以下のように修正。 リードがダウンサンプリングされ、動作が軽くなった。 ま…

bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール

bamからwiggleファイルに変換してカバレッジのtrackをviewerのトラックに取り込みことができる。ただしそれにはsamtoolsのpileupを使いbamからwiggleファイルを作る必要があり、作り方がやや面倒だった。現在では、ありがたいことにコマンド一発でwiggleファ…

IGVをコマンドラインから起動する

IGV

IGVはいくつかのバージョンが提供されいる。デスクトップにショートカットを作ってjavaのwebスタート版を使っている人もいるかもしれないが、コマンドラインから叩くやり方も知っておくと便利である。 まずigvをbrewで導入しておく。igvtoolsも入れておくと…

IGVのtips 分割表示やGC変化の表示

IGV

banファイルを読み込んでリード情報を可視化できるフリーソフト。多様なオプションが用意されており、使いこなすにはかなり勉強が必要。 例を挙げて説明する。 1、Split view 表示 下のようにウィンドウを分けて表示できる。本来はmate-pairの相方リード表示…