macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

IGV

IGVのtips 4

またIGVの簡単なTipsを紹介します。 1,ロングリードシークエンスのindelエラーの表示/非表示 ロングリードシークエンスの普及により、IGVにTGS向けのオプションが追加されています。 View => Preference => Third Genタブ TGS向けの長めのVisibility range…

IGVのtips その3

以前書いたIGVのtipsという記事に時々アクセスがあるようなので、今日は再びゲノムブラウザIGVのtipsの紹介をします。 1、JSONファイルでの読み書き IGVはゲノムファイルやアノテーションをGenomeメニューから読み込むことよりもJSON形式でゲノムを指定する…

宿主ゲノムにマッピングして宿主と汚染菌のロングリードを分けることができるか試す

2023/03/12 誤字修正 ロングリードを使ったゲノムプロジェクトが爆発的に増えており、現在ではほとんどのゲノム解読プロジェクトでロングリードのシークエンスが主要に使用されています。ロングリードのゲノムプロジェクト増加に伴って、想定しない汚染生物…

植物の公共RNA-Seqライブラリを分析するためのユーザーフレンドリ―なデータベース PPRD

ハイスループットRNA-sequencing(RNA-seq)は、その低コストと高いカバレッジにより、ここ10年で最も人気のある遺伝子発現プロファイリング技術になった。その結果、植物界からのRNA-seqライブラリの数は近年飛躍的に増加している。トウモロコシ、イネ、ダ…

IGVのtips その2

2021 2/17 tips追記 IGVをより便利に使う方法はないでしょうかという質問があったので、今日は自分が知っているIGVのtipsをいくつか紹介します。 IGVの公式動画チャンネルがあります。 統合TVでもIGVの基本的な使い方について分かりやすく説明されています …

ChIP-Atlas

代表的なモデル生物6種(ヒト、マウス、ラット、ミミズバエ、線虫、出芽酵母)から得られた公開されているクロマチン免疫沈降シークエンス(ChIP-seq)とDNase-seqデータ(n>70,000)を完全に統合し、ChIP-Atlas(http://chip-atlas.org)と名付けられたデー…

ハプロタイプフェージングを行う whatshap

2019 3/18 インストールの流れ修正 2019 3/26 誤字修正 2019 11/8 タイトル修正 ヒトゲノムは二倍体であり、すなわち、その常染色体の各々は2コピーである。これらの親のコピーは、異なる一塩基多型(SNPs)の影響を受ける。変異がどちらの染色体由来かアサ…

bamCoverageを使いカバレッジトラックを作成する

2019 9/13 インストール追記 deeptoolsはRNA-seq解析やchip-seq解析に特化したアライメントのカウント分析ツール(webサーバ)である。ヒートマップ出力などの機能を持ち、ツールの中にあるbamCoverageを使うと、bamのカバレッジ情報をwig形式などで出力してカ…

IGVが重い時のtips

IGVにbamファイルを読み込むと重くて困ることがある。表示を軽くするためのtipsを書いておく。 bamを読み込んでリードが見えるまで拡大した状態。 view -> Preference 赤枠部分を以下のように修正。 リードがダウンサンプリングされ、動作が軽くなった。 ま…

bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール

2019 3/20 誤字修正 2021 12/23 コマンド修正 2023/10/01追記 bamからwiggleファイルに変換してviewerに取り込むと、カバレッジtrackとして表示できる。ただしそれにはsamtoolsのpileupを使いbamからwiggleファイルを作る必要があり、作り方がやや面倒だった…

IGVをコマンドラインから起動する

2019/12/28 インストール追記 IGVはいくつかのバージョンが提供されいる。デスクトップにショートカットを作ってjavaのwebスタート版を使っている人もいるかもしれないが、コマンドラインから叩くやり方も知っておくと便利である。 まずigvを導入。igvtools…

IGVのtips 分割表示やGC変化の表示

banファイルを読み込んでリード情報を可視化できるフリーソフト。多様なオプションが用意されており、使いこなすにはかなり勉強が必要。 例を挙げて説明する。 1、Split view 表示 下のようにウィンドウを分けて表示できる。本来はmate-pairの相方リード表示…