macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

IGV

フェージングを行ってハプロタイプを組み立てる whatshap

2019 3/18 インストールの流れ修正 2019 3/26 誤字修正 ヒトゲノムは二倍体であり、すなわち、その常染色体の各々は2コピーである。これらの親のコピーは、異なる一塩基多型(SNPs)の影響を受ける。変異がどちらの染色体由来かアサインすることは進化遺伝学…

bamCoverageを使いカバレッジトラックを作成する

2019 9/13 インストール追記 deeptoolsはRNA-seq解析やchip-seq解析に特化したアライメントのカウント分析ツール(webサーバ)である。ヒートマップ出力などの機能を持ち、ツールの中にあるbamCoverageを使うと、bamのカバレッジ情報をwig形式などで出力してカ…

IGVが重い時のtips

IGVにbamファイルを読み込むと重くて困ることがある。表示を軽くするためのtipsを書いておく。 bamを読み込んでリードが見えるまで拡大した状態。 view -> Preference 赤枠部分を以下のように修正。 リードがダウンサンプリングされ、動作が軽くなった。 ま…

bamからbigWigとWiggle Formatに変換するツール

2019 3/20 誤字修正 bamからwiggleファイルに変換してviewerに取り込むと、カバレッジtrackとして表示できる。ただしそれにはsamtoolsのpileupを使いbamからwiggleファイルを作る必要があり、作り方がやや面倒だった。現在では、コマンド一発でwiggleファイ…

IGVをコマンドラインから起動する

IGVはいくつかのバージョンが提供されいる。デスクトップにショートカットを作ってjavaのwebスタート版を使っている人もいるかもしれないが、コマンドラインから叩くやり方も知っておくと便利である。 まずigvをbrewで導入しておく。igvtoolsも入れておくと…

IGVのtips 分割表示やGC変化の表示

banファイルを読み込んでリード情報を可視化できるフリーソフト。多様なオプションが用意されており、使いこなすにはかなり勉強が必要。 例を挙げて説明する。 1、Split view 表示 下のようにウィンドウを分けて表示できる。本来はmate-pairの相方リード表示…