macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

GO term

GO enrichmet解析結果を視覚化する MonaGO

2020 11/10 誤字修正 MonaGOは、遺伝子オントロジー(GO)エンリッチメント解析を実行し、結果を可視化するための直感的でインタラクティブな応答性の高いインターフェイスを提供する、新しいウェブベースの可視化システムである。MonaGOは、ダイナミックな…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR その2

2020 9/6 誤解を招く説明を修正 1回目の続きになります。今回はEnrichment のツールを簡単に紹介していきます。 Enrichment 2つのアプリケーションが利用できる。 解析フローはこの手順を踏襲したものになっている。こちらを読めばどんなコマンドを実行して…

GO enrichmet解析結果を視覚化する GOplot

オミクスデータの機能分析に利用できる方法が多すぎるにもかかわらず、結果の包括的なまだ詳細な理解を得ることは困難なままになっている。これは主に、この種の情報を視覚化するための公開ツールが不足しているためである。ここでは、グラフィック表示を強…

REVIGO

今日のハイスループット実験では、マイクロアレイ、RNA-Seq、またはさまざまなプロテオミクス手法を使用して、数千の遺伝子の発現を同時に測定している。 ChIP-on-chipまたはChIP-Seq実験は、特定のタンパク質のゲノム全体のDNA結合パターンを決定するために…

機能アノテーション付けを行うwebサービス eggNOG-Mapper

2020 9/1 説明追記 重複イベントではなく種分化に由来するオーソロガス遺伝子の同定(Fitch 1970)は、新規遺伝子の機能的特性化に深い意味を持つ長年にわたる進化の問題である。 「オルソログ推測」では、同じ遺伝子重複イベントから派生したパラログ間より…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソームまたはトランスファー…

GOアノテーション間の関係と類似性を調べるwebサーバー NaviGO

遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙(以後、term)として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…

Functional annotationを行うwebサーバー PANNZER2

正確なfunctional annotationを持つタンパク質は、生物学的研究に不可欠である。残念ながら、タンパク質配列の大部分は機能的に特徴付けられていない。つまり、実験的に検証されたアノテーションはない。ハイスループットシーケンスの進歩により、シーケンス…

Gene Ontologyデータベース AmiGO2

AmiGOのペーパーより Gene Ontologyプロジェクト[GO(http://www.geneontology.org); Gene Ontology Consortium、2000]は、構造化された統制語彙、またはオントロジーを開発し、遺伝子およびその産物(遺伝子産物)の基本的な特性を種に依存しない方法で記…

包括的なfunctional annotationを行うwebツール FunctionAnnotator

シーケンス技術の向上により、次世代シーケンス(NGS)がトランスクリプトーム研究にますます頻繁に使用されている。適切なリファレンスゲノムがないため、非モデル生物のトランスクリプトームの分析はモデル生物のトランスクリプトームと非常に異なる。 Tri…

Functional annotationを行うwebサーバー GO FEAT

2019 8/17 タイトル修正 、tips追記 ゲノムデータおよびトランスクリプトームデータに生物学的意味を与えることは、特にハイスループットテクノロジーによって生成される大量のデータと、この目的のために開発されたツール、Webサーバー、およびデータベース…

(Omics向け) 従来のベン図表現を拡張する DiVenn

ハイスループットデータ技術の進歩により、詳細な分析なしに膨大な量の遺伝子発現データが生成されてきた。例えば、INVEX (Xia et al., 2013)、ExAtlas (Sharov et al., 2015)、そしてWebGIVI (Sun et al., 2017)などのいくつかのウェブベースの視覚化ツール…

(ヒト、マウス向け)GO term enrichment解析を行う GOnet

ゲノムワイド研究のアウトプットは、通常、共有の発現パターンを示す遺伝子(またはそれらのタンパク質産物)のリストである。例えば、これらは、疾患の有無にかかわらずドナー群において差次的に発現される遺伝子、または生物学的サンプルの特定の画分にお…

GO enrichment解析データベース agriGO v2.0

2019 6/13 追記 エンリッチメント解析は、大量の遺伝子リストに関連する機能を決定し、生物学的過程を解釈する可能性を高めるための効率的かつ迅速な方法である(ref.1)。Biological processes(BP)、molecular functions(MF)、cell components(CC)に…

de novo transcriptome向けのアノテーションツール; Trinotate

2018 10/30 コード修正 2019 10/11 インストール追記、関連ツールリンク追記 2019 10/12 help追記、 2020 2/1 間違ったdockerリンク消去 de novo transcriptomeのアノテーションツールとしてblast2GOがよく知られているが、Trinotateというツールが発表され…