macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

API

 シーケンスロゴを作成するpython API Logomaker

シーケンスロゴは、DNA、RNA、タンパク質の配列の生物学的特性を視覚的に説得力のある方法で説明するが、Pythonプログラミング環境内でそのようなロゴを生成してカスタマイズすることは現在のところ困難である。ここでは、公開品質のシーケンスロゴを作成す…

ヒトとマウスの様々なアライナー用indexをダウンロードできる Refgenie

2019 8/15 リンク追記 2020 1/30論文追記 リファレンスゲノムの構築とキュレーションに多大な努力が注がれている (ref.1–5)。これらのリファレンスアセンブリは結果を比較するための共通の表現を提供し、それらはシーケンスアラインメントとアノテーションを…

効率的なk-merカウンタ kmcEx

K-merは、それらの頻度と共に、エラー訂正、リピート検出、マルチプルシーケンスアラインメント、ゲノム構築などの基本的なビルディングブロックとして役立ち、k-merカウントにおける集中的な研究を引き付けた。ただし、k-merカウンタの出力自体は大きい。非…