macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

ヒト腸内 (human gut)

マッピングベースのメタゲノム存在量プロファイリングを行う MiCoP

微生物は、土壌、海水、人体など、地球上のほとんどすべての生態系に遍在している。単細胞生物はこれらの環境のそれぞれにおいて多くの重要な役割を果たしている[ref.1、2]。サンプル中に存在する微生物を特定することは、これらの生物によってどのような機…

メタゲノムシーケンシングリードをアセンブリしてvirusゲノム配列を探す自動パイプライン virMine

真核生物および原核生物とは対照的に、ウイルスゲノムはごく一部のみがシーケンシングされ特徴付けられている。ウイルスのメタゲノム研究は、地球上でのウイルスの多様性についての理解を深めるうえで極めて重要である。海水(Breitbart et al、2002; Yoosep…

メタゲノムアセンブリをbinningする CONCOCT

ショットガンシーケンシングは、複雑な微生物群集からのゲノムの再構築を可能にするが、全ゲノムを再構築することはできないので、ゲノムの断片をビンに入れることが必要である。 この論文では、CONCOCTを提示する。これは、コンティグをゲノムに自動的にク…

(メタゲノム向け)高効率なプロテインレベルのアセンブリツール PLASS

2019 6/25 twitter追記 メタゲノム研究の主な制限は、ショートリードの大部分(土壌で80% - 90%[1])を、遺伝子およびタンパク質配列の予測を可能にするのに十分な長さの連続した配列(contigs)にアセンブリすることができないことである。 低存在量のゲ…

metaSPAdes

メタゲノムシーケンシングは、細菌集団の分析ならびに新規な生物および遺伝子の発見のための選択技術として浮上している(Tyson et al, 2004、Venter et al, 2004、Yooseph et al, 2007、Arumugam et al, 2011)。初期のメタゲノミクス研究の1つにおいて、Ve…

メタゲノムの既知および未知バクテリアの存在量を推定single-copy phylogenetic marker genesに基づいて見積もる mOTUs2

2019 4/26 mergeエラー修正及び追記 2019 7/2 インストール追記 2019 8/6 リンク追加 微生物は、地球上の生命や環境中の地球化学的プロセスに影響を与える、相互作用する種の複雑な共同体に住んでいる。したがって、それらが形成するコミュニティの構成を正…

review article要約 16Sアンプリコンシーケンシングによる微生物コミュニティの定量

いくつかの例を挙げると、微生物群集は、地球規模の元素循環、排水処理プラントでの廃棄物除去、およびバイオガスプラントでのメタン生産を促進する、多くの自然および人工生態系における隠れたチャンピオンである。これらのシステムを理解しモデル化するた…