macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2017-09-22から1日間の記事一覧

small RNAをアノテートする ShortStack

ShortStackはsmall RNA seqのデータをリファレンスゲノムにアライメントし、small RNAのlociをアノテートするツール。改良が続けられており、2報目の論文では、高速化の他、複数のシーケンスデータの入力、bowtieによるアライメントなどに対応した。 テスト…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM

2018 10/7 文章訂正、10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正、/16 インストール追記、11/28 インストール追記、データベース作成の流れを修正、12/6 バージョンアップ追記 2021 1/15 バージョンア…