AfterQCはfastqのフィルタリング、トリミング、エラー修復、およびクオリティチェックを全て自動で行なってくれるツールである。エラー修復はオーバーラップするペアードエンドリードのクオリティを比較して実行される。2017年に論文が発表された。 インスト…

2019 1/16 テストラン追加、diamondデータベースbuidコマンドエラー修正 2019 1/19 diamondデータベースbuidコマンド修正 2019 1/21 追記 2019 6/22 インストール追記 2020 7/29 シミュレーション追記 2020 9/29 追記 2021 9/1 ビルドコマンド修正( リンク修…

2018 9/5 bbmerge-auto.sh修正 2019 5/14 BBnormコメント修正、パラメータ修正、ヘルプ追加 bbmap.sh2019 6/13 タイトル修正、6/19 其の３追記 2020 1/29 condaインストール追記、メモリ使用量指定、11/6 誤字修正 2023/02/02 追記 BBtoolsはアメリカのJGIが…

2018 1/9 condaインストール追記 Recyclerはアセンブルのgraph pathからプラスミドの配列を検出する方法論。プラスミドのグラフは他のゲノムのグラフと独立しており、カバレッジが均一な少数のノードで構成される環状のグラフと推測される。これらの手がかり…

2018 9/27 引用の誤り修正 2020 4/13 インストール手順とヘルプ追記, タイトル修正 2020 4/14 インストール手順修正 2020 5/27 タイトル修正 種のパンゲノムとは、その種のすべての個体に見られるすべての遺伝子とノンコーディング配列の集合体と定義される…

NanoSImは2017年に発表されたOxford nanoporeのロングリードのシミュレーター。ユーザーが指定したONTリードからプロファイルを作成し、それに基づいてロングリードを発生させることができる。 インストール 依存 minimap2 (Tested with version 2.10) LAST …

2018 10/23 追記 2019 1/16 追記5 2019 3/16 bioconda追記6、canu -hヘルプ追記 2019 3/18 追記7 2019 4/12 追記8 dcokerリンク追加 2019 5/14 追記8リンク追加 2019 8/4 説明追加 2019 8/14 リンク追加 2019 11/5 canu v1.9 updateのお知らせtwitter追加 20…

7/10 LAST コマンドミス修正 bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1M…