ideelはバクテリア/微生物ゲノムアセンブリの中断されたORFの評価を行うツール。
2023/05/17追記
I've updated the repo to make it easier to install and run:https://t.co/W1DQw9wwGm
— Mick W@tson ↙️ (@BioMickWatson) May 16, 2023
導入がより簡単になったようです。以下、古い情報です。
インストール
git clone https://github.com/mw55309/ideel.git
cd ideel/
Snakefileを開いてuniprot tremblなどのdiamond databaseのパスを修正する。
実行方法
クローンしたレポジトリの中に”genomes”というディレクトリを作り、そこにアセンブリを.faという拡張子で入れる。
ラン
snakemake --cores 20
出力
図；ロングリードオンリーのアセンブリ配列（左）とショートリードとロングリードのハイブリッドアセンブリ（右）。出力のhistsディレクトリより。
2021 4/30
この論文のSupplementary Figure 12で使用されています。
https://www.nature.com/articles/s41587-019-0202-3/figures/17
引用
*1
Dockerfileを書いてビルドした。
#################################################
FROM ubuntu:18.04
LABEL \ description="Base image for ideel"
#################################################
RUN apt update -y && apt install -y git wget python3 python3-pip prodigal
RUN pip3 install prodigal diamond rbase snakemake
WORKDIR /home/
RUN git clone https://github.com/mw55309/ideel.git
WORKDIR /home/ideel
#################################################
ビルド
docker build -t kazumax/ideel .
ラン
> docker run -itv $PWD:/data --rm kazumax/ideel
> snakemake
ラン前にSnakefileを開いてdiamond databaseのパスを修正する。
関連
参考1
Also recommend checking your assembly for indels using @BioMickWatson ideel tool, just might need to tweek the pipeline for mycoplasma and add the genetic code option to prodigal (https://t.co/ZH1LRFDEMD)
— Alistair Legione (@ALegione) September 16, 2019
Update: I have added ideel analysis of the assemblies on github. This confirms that PEPPER is able to significantly improve the fraction of genes that are full length.
— Kishwar (@kishwarshafin) November 14, 2020
Thanks to @kirk3gaard and @gaworj for the suggestions. And thanks to @BioMickWatson for developing ideel. https://t.co/purU5b6xDP pic.twitter.com/gD4i8Kr5JJ
