macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

コンソールでbamのカバレッジを素早く確認できる bamcov

 

bamcovは、Florian Breitwieserさん(Github)が公開されている、bamのカバレッジを計算してコンソール上で表示するユーティリティ。

 

インストール

macps10.14でテストした。

Github

git clone --recurse-submodules https://github.com/fbreitwieser/bamcov
cd bamcov
make
make test

> make test

$ make test

./bamcov -H test.bam | column -ts$'\t'

NW_002479957.1  1  514      16    335     65.1751  2.05642   35    6.38

NW_002477246.1  1  2012514  3966  234753  11.6647  0.147286  34.5  43.4

./bamcov -m test.bam

NW_002479957.1 (514bp)

>  90.00% │    ██████████████████    ██████████████          │ Number of reads: 16

>  80.00% │    ██████████████████    ██████████████           

>  70.00% │    ██████████████████    ██████████████          │ Covered bases:   335bp

>  60.00% │    ██████████████████    ██████████████          │ Percent covered: 65.18%

>  50.00% │    ███████████████████  ███████████████          │ Mean coverage:   2.06x

>  40.00% │    ███████████████████  ███████████████          │ Mean baseQ:      35

>  30.00% │    ███████████████████  ███████████████          │ Mean mapQ:       6.38

>  20.00% │   ████████████████████  ███████████████           

>  10.00% │   ████████████████████  ███████████████          │ Histo bin width: 10bp

>   0.00% │   ████████████████████  ███████████████          │ Histo max bin:   100%

          1        100       200       300       400        514   

 

NW_002477246.1 (2.01Mbp)

>  14.45% │                                     █ ▄         │ Number of reads: 3966

>  12.84% │     ▄█          ▄▄      ▄▄    █ ▄  ███      ▄│     (20 filtered)

>  11.24% │▄   ███ █ ▄▄ ▄  ███▄ ██   ▄██  █ ███  ███ ▄██   ██│ Covered bases:   234.8Kbp

>   9.63% │█  ▄███ █ ██▄█  ████ ██ █ ████▄█ ████▄███ ████ ███│ Percent covered: 11.66%

>   8.03% │██ ████ █▄████  ███████▄█▄██████ ████████▄████████│ Mean coverage:   0.147x

>   6.42% │███████ ██████ ███████████████████████████████████│ Mean baseQ:      34.5

>   4.82% │██████████████ ███████████████████████████████████│ Mean mapQ:       43.4

>   3.21% │██████████████▄███████████████████████████████████│ 

>   1.61% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 40.2Kbp

>   0.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo max bin:   16.055%

          1       402.5K    805.0K    1.21M     1.61M      2.01M  

 

#help

> ./bamcov -h

$ ./bamcov -h

Usage: bamcov [options] in1.bam [in2.bam [...]]

 

Input options:

  -l, --min-read-len INT  ignore reads shorter than INT bp [0]

  -q, --min-MQ INT        base quality threshold [0]

  -Q, --min-BQ INT        mapping quality threshold [0]

  --rf <int|str>          required flags: skip reads with mask bits unset []

  --ff <int|str>          filter flags: skip reads with mask bits set 

                                      [UNMAP,SECONDARY,QCFAIL,DUP]

Output options:

  -m, --histogram         show histogram instead of tabular output

  -o, --output FILE       write output to FILE [stdout]

  -H, --no-header         don't print a header in tabular mode

  -U, --full-utf          full UTF8 mode for histogram for finer resolution

  -w, --n-bins INT        number of bins in histogram. If 0, use terminal width [50]

  -r, --region REG        show specified region. Format: chr:start-end. 

  -h, --help              help (this page)

 

See manpage for additional details. Tabular format columns::

  rname       Reference name / chromosome

  startpos    Start position

  endpos      End position (or sequence length)

  numreads    Number reads aligned to the region (after filtering)

  covbases    Number of covered bases with depth >= 1

  coverage    Proportion of covered bases [0..1]

  meandepth   Mean depth of coverage

  meanbaseq   Mean baseQ in covered region

  meanmapq    Mean mapQ of selected reads

 

 

実行方法

カバレッジをタブ区切りで表示

bamcov input.bam

-Hをつけるとヘッダー部分(コメント行)は出力しない。

 

カバレッジヒストグラム表示

bamcov -m input.bam

chromosome/plasmidごとに、 chr全体のカバレッジが出力される。

chr (4.5Mbp)

>  90.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Number of reads: 9166

>  80.00% │██████████████████████████████████████████████████│     (43 filtered)

>  70.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Covered bases:   4.5Mbp

>  60.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Percent covered: 99.97%

>  50.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean coverage:   21.2x

>  40.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean baseQ:      255

>  30.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean mapQ:       59.9

>  20.00% │██████████████████████████████████████████████████│ 

>  10.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 71.4Kbp

>   0.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo max bin:   100%

          1       714.2K    1.43M     2.14M     2.86M      3.57M  

 

chr2の10000-20000のカバレッジだけ表示する。 

bamcov -m -r chr2:10000-20000 input.bam

$ bamcov -m -r chr2:10000-20000 sorted.bam

chr1 (3.4Mbp)

>  90.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Number of reads: 35

>  80.00% │██████████████████████████████████████████████████│ 

>  70.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Covered bases:   10.0Kbp

>  60.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Percent covered: 100%

>  50.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean coverage:   13.3x

>  40.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean baseQ:      255

>  30.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Mean mapQ:       60

>  20.00% │██████████████████████████████████████████████████│ 

>  10.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo bin width: 200bp

>   0.00% │██████████████████████████████████████████████████│ Histo max bin:   100%

        10.0K     12.0K     14.0K     16.0K     18.0K      20.0K  

(base)

 

-wで幅を調節できる。-w1で最小幅になり、"-w0"で最大の幅になる。

bamcov -mw2 input.bam

chr (4.5Mbp)

>  89.99% │██│ Number of reads: 9166

>  79.99% │██│     (43 filtered)

>  70.00% │██│ Covered bases:   4.5Mbp

>  60.00% │██│ Percent covered: 99.97%

>  50.00% │██│ Mean coverage:   21.2x

>  40.00% │██│ Mean baseQ:      255

>  30.00% │██│ Mean mapQ:       59.9

>  20.00% │██│ 

>  10.00% │██│ Histo bin width: 1.79Mbp

>   0.00% │██│ Histo max bin:   99.993%

          1         3.57M  

 

plasmid (43.3Kbp)

>  89.83% │█▄│ Number of reads: 242

>  79.85% │██│     (2 filtered)

>  69.87% │██│ Covered bases:   40.1Kbp

>  59.89% │██│ Percent covered: 98.28%

>  49.90% │██│ Mean coverage:   17.8x

>  39.92% │██│ Mean baseQ:      255

>  29.94% │██│ Mean mapQ:       59.9

>  19.96% │██│ 

>   9.98% │██│ Histo bin width: 51.7Kbp

>   0.00% │██│ Histo max bin:   99.808%

          1         103.3K 

 

引用

GitHub - fbreitwieser/bamcov: Quickly calculate and visualize sequence coverage in alignment files

 

関連