macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CGView Comparison Toolによるバクテリアのゲノム比較3 - 葉緑体ゲノムの比較

 

プラスミド、クロモソームに続き、CCTを使って葉緑体ゲノムを比較するチュートリアルを見ていく(公式ページチュートリアル3)

 

CCTのインストールは以下で説明しています。


前半は以前のクロモソームプラスミドと同じなので簡潔に説明する。

 まずはPorphyra purpureaのクロロプラストゲノムをダウンロードする。

fetch_genome_by_accession.sh -a NC_000925 -o ./

上記のコマンドを打つと、カレントディレクトリにNC_000925.gbkがダウンロードされる。 

プロジェクトをビルドする。

build_blast_atlas.sh -i NC_000925.gbk

終わるとNC_000925ディレクトリができる。

 

他のクロロプラストゲノムをダウンロードする。

fetch_all_refseq_chloroplast_genomes.sh -o NC_000925/comparison_genomes/

157ファイルダウンロードされた。

 

デフォルト条件でゲノムを比較するなら以下のように打つ。

build_blast_atlas.sh -p NC_000925 --map_size x-large --custom 'labelFontSize=100 backboneRadius=3000'

 --custtomで文字が潰れないよう工夫している。

  • labelFontSizeはfeature tableの文字サイズ
  • backboneRadiusは背景の円のサイズ。

--map_size x-large: x-largeのファイルのみ出力。

 

 

DNA vs DNA

f:id:kazumaxneo:20170613213347j:plain

  

cDNA vs cDNA

f:id:kazumaxneo:20170613213211j:plain

 

  

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