情報が増えてきたので、これまで紹介してきたfasta、fastqの分析、変換（圧縮）、修復ツールをまとめておく。 アダプタートリミング trimming / preprocessing カテゴリー seqkit fastq / fastaの操作ツール seqkit seqkitに最近追加されたコマンド seqtk fa…

FASTA/FASTQの操作ツール

2018 1/31TransAbySS修正 2019 6/3 論文追記 2019 7/9関連追記、condaによるインストール追記 RNAの発現は分子によって大きな差があるため、どのようなデータセットでも万能なRNAのアセンブルツールというのは存在しない。そのため単一のアセンブルツールで…

de novo transcriptome 解析を行うためのRNAのアセンブルツール

複数の配列のblast解析を行う場合、ローカルでデータベースなどを構築して進めるのが一つの手である。しかしローカルだとデータベースの更新や、データサイズが問題になる（例えばnrのデータも2015年にダウンロードすると200GBを超えていた）。 ネットワーク…

NCBIで全データを一度にblast解析し、得られたリストをEntrez Directでアノテーションに変換する。

8/29 ツール追加 これまでNGSデータをアセンブル様々なアセンブルやツールが発表されてきた。例えばOMICs toolでhitするツールは121ある（https://omictools.com/genome-assembly-category）。ショートリードに限定すると数は減るが、それでも膨大な数である…

ショートリードのアセンブリツール

随時更新 2019 1/23 リンク修正 samとbamのハンドリングに関するツールを紹介する。 追記 --2017-- 8/20 samblaster samblasterでduplicationリードにタグをつける 8/29 BBTools 其の１、其の２ 9/27 bamに塩基置換やindel変異を起こす bamに塩基置換やindel…

sam/bamファイルを変換、編集したり分析するためのツール

7/10 LAST コマンドミス修正 bwa memとLASTがナノポア向けにチューニングされたとナノポア公式ページでアナウンスされている。 https://nanoporetech.com/publications/bwa-and-last-have-been-tuned-work-nanopore-reads bwa memはショートリード時代から1M…

Oxford Nanoporeリードのマッピング

2017 10/18 PindelとPlatypusのフローを修正。 2018 2/3 brew tap 修正 2018 8/8 freebayes、lumpyの誤りを修正。 2018 9/8 誤字修正。 2018 10/23 lumpyの流れを見やすく修正。 2019 6/13 インストール追記 2019 7/1 lumpy -svのdockerイメージリンク追加 …

large indel（structural variation）の検出ツール