macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

secondary metabolites

メタゲノムの生合成遺伝子クラスター予測と多様性評価を行う BiG-MEx

微生物は、特殊な代謝経路の酵素をコードする物理的にクラスタ化された遺伝子である生合成遺伝子クラスター(BGC)を発現することにより、膨大な種類の天然物を生産している。これらの天然物は、工業的・医学的利用価値の高い幅広いケミカルクラス(アミノグ…

既知生合成遺伝子クラスターのデータベース MIBiG 2.0

植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 2021 1/27 誤字修正 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソーム…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

2019 6/17 インストール追記 2020 5/15 help追加 2020 7/9 ローカルでの実行例記載 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子…