macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

secondary metabolites

既知生合成遺伝子クラスターのデータベース MIBiG 2.0

植物、微生物、菌類は、多くの場合、1つまたはいくつかの種にユニークな多種多様な特殊な代謝物を生成する。文明の夜明けから、人間は薬用、経済的、またはレクリエーション目的でこの宝の山を利用している。過去10年以内に、ゲノムに基づいた特殊な代謝産物…

Metagenomic contigsの分析と可視化のための自動化されたパイプライン MetaErg

2019/10/24 MetaCycの結果追記 ゲノムアノテーションは、文字通り、アセンブリされたDNA分子の特徴の注釈である。そのような特徴は、そもそも、タンパク質をコードする遺伝子[「オープンリーディングフレーム」(ORF)]およびリボソームまたはトランスファー…

既知の二次代謝産物生合成遺伝子クラスターを検出する antiSMASH

2019 6/17 インストール追記 二次代謝産物または特殊代謝産物とも呼ばれる天然の産物(Natural products)は、多くの薬の基礎であり、農業および栄養学の応用にとって重要な分子でもある。さらに、分子生物学および細胞生物学の多くの側面を研究する化学プロ…