macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

hybrid assembly

スモールゲノムからラージゲノムまで対応した高速かつ精度の高いハイブリッドアセンブラ HASLR

オックスフォード・ナノポア・テクノロジーズやパシフィック・バイオサイエンスなどのプラットフォームからの第三世代シーケンシング技術は、より連続したアセンブリを構築し、ゲノムを完全に再構築する道を開いた。これらのテクノロジーで生成されより長い…

(ヒトゲノム)ハイパフォーマンスなハイブリッドアセンブラ WENGAN

2020 3/7 パラメータの表記ミス修正 ロングリードシーケンシング技術の継続的な改善により、高品質のゲノムを約束する新しいde novoアセンブリ時代が始まっている。ただしロングリードのみを使用して、大規模で反復性の高いヒトゲノムの正確なゲノムアセンブ…

ショートリードによるpolishingも行う高速なロングリードアセンブラ Raven (旧名 Ra)

2020 5/23 タイトル補足、ravenインストール追記 Ra(現在はRaven)は、第3世代シーケンシングによって生成されたrawシーケンシングリードの高速で使いやすいアセンブラである。 以下の図に示すように、RaはMinimap2、Rala、およびRaconで構成されている。 R…

SPAdesアセンブラ

2018 9/5 タイトル修正 2018 9/6 tips追加 2019 5/8 tweet追加 2019 5/15 インストールバージョン3.13.1に更新 2019 12/31 spades3.14に修正 2019 1/7 誤字修正 2020 1/14 インストール追記 2020 5/6 リンク追加 ref.1 人体から海洋までほとんどの環境のバク…

MaSuRCA アセンブラ

8/28,29 dockerコマンド等、分かりにくい部分を修正 2019 5/3 動作条件追記 2019 6/12 hybrid assembly リンク追加 2019 10/9 condaインストール追記、ONTのハイブリッド追記 2019 12/22 condaインストール追記 2020 1/22リンク追記 2001年にヒトゲノムのド…

(ラージゲノム)高速なハイブリッドアセンブラ DGB2OLC

2020 3/15 タイトル修正 第3世代シークエンシング技術は、アセンブリの品質を大幅に向上させた。 しかしながら、効率的なゲノムアセンブリアルゴリズムが欠如していることは、間違いなく第3世代シーケンス技術の普及への最大の障害となっている。高い誤り率…

ハイブリッドアセンブリにも対応したショートリードアセンブラ Unicycler

2019 1/11 追記 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 help all追加 2019 12/6 コメント追記 2020 3/30 help更新 現在、バクテリアゲノムはIlluminaシーケンシングプラットフォームによって支配されている。イルミナのリードは正確で、ベースあたりのコスト…

ハイブリッドアセンブルを行うquickmerge

quickmergeは、ロングリード情報を使い、アセンブルのcontiguityを向上させるツール。特にロングリードのカバレッジがmodestな時にcontiguityが大きく向上するとされる。他のツールのアセンブル結果を入力ファイルとする。 インストール Github https://gith…