macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

hybrid assembly

ショートリードによるpolishingも行う高速なロングリードアセンブラ Ra

Raは、第3世代シーケンシングによって生成されたrawシーケンシングリードの高速で使いやすいアセンブラである。 以下の図に示すように、RaはMinimap2、Rala、およびRaconで構成されている。 Raは入力としてFASTA / FASTQフォーマット(gzipで圧縮可能)のraw…

SPAdesアセンブラ

2018 9/5 タイトル修正 2018 9/6 tips追加 2019 5/8 tweet追加 2019 5/15 インストールバージョン3.13.1に更新 2019 12/31 spades3.14に修正 2019 1/7 誤字修正 2020 1/14 インストール追記 ref.1 人体から海洋までほとんどの環境のバクテリアは研究所でクロ…

MaSuRCA アセンブラ

8/28,29 dockerコマンド等、分かりにくい部分を修正 2019 5/3 動作条件追記 2019 6/12 hybrid assembly リンク追加 2019 10/9 condaインストール追記、ONTのハイブリッド追記 2019 12/22 condaインストール追記 2001年にヒトゲノムのドラフトバージョンが作…

ハイブリッドアセンブリにも対応したショートリードアセンブラ Unicycler

2019 1/11 追記 2019 4/12 dockerリンク追加 2019 5/27 help all追加 2019 12/6 コメント追記 現在、バクテリアゲノムはIlluminaシーケンシングプラットフォームによって支配されている。イルミナのリードは正確で、ベースあたりのコストが低く、全ゲノムシ…