macでインフォマティクス

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NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

contamination

メタゲノムのビニング後の解析を行う自動化されたパイプライン MetaSanity

2020 5/29 構成を修正、タイトル変更 2020 6/1 コマンド修正 マイクロバイオーム研究の重要性はますます一般的になっており、さまざまな生態系(例:海洋、構築、宿主関連など)を理解するために不可欠である。研究者は、微生物ゲノムの分析のため、高度に再…

メタゲノムアセンブリのウイルスゲノム品質を評価する CheckV

2020 5/9 誤字修正 ここ数年の間に、メタゲノミクスにより何百万もの新しいウイルス配列のアセンブルが可能になり、地球上のウイルスの多様性に関する知識が大幅に拡大した。しかし、これらの配列は小さな断片から完全なゲノムまで様々であり、その品質を推…

公開されている真核生物アセンブリを分析する BlobToolKit

2020 6/15 追記 種の起源について不可知なシーケンスデバイスによって作成されたシーケンシングデータから標的ゲノムを再構築する場合、汚染された DNA によって混同される可能性がある。サンプル処理中に混入した場合でも、標的DNAとの共抽出によって混入し…

(ヒトゲノム)個人のサンプルが汚染または交換されている可能性があるかどうかを調べる verifybamid

DNAサンプル汚染の検出と推定は、高品質の遺伝子型コールと信頼性の高いダウンストリーム分析を確保するための重要なステップである。既存の方法は、汚染率の正確な推定のために母集団対立遺伝子頻度情報に依存している。シーケンス解析の初期段階で各個体の…

VCFとPEDから予測される家系、性別、祖先関係を元にサンプルの潜在的な汚染を見積もる Peddy(ヒト向け)

ヒトDNAシーケンス研究では、多くの場合、複数の研究所や個人によるDNAサンプルと関連するマニフェストの取り扱いが含まれる。 WESとWGSの両方のプロトコルには、シーケンス前の複数のDNA操作が含まれる。新しい手順や処理はそれぞれ、サンプルの混同、汚染…

アセンブリ過程でロングリードをフィルタリングする fpa

2020 4/23 論文追記 以前、ロングリードのアセンブリ前処理ツール yacrdを紹介した。 今回はアセンブリ過程でフィルタリングして出力を調節するfpaを紹介する。 以下のフィルタリングが行える (Githubより)。 internal match containment dovetails self mat…

illuminaと454の前処理ツール seqyclean

最新のハイスループットシーケンス機器は大量のデータを生するが、これにはシーケンスエラー、シーケンスアダプタ、汚染されたリードなどのノイズが含まれていることがよくある。このノイズはゲノミクス研究を複雑にする。シーケンスノイズを減らすために多…

アセンブリ配列の16S rRNA相同性からシーケンシングデータの汚染を素早く見積もる ContEst16S

近年、次世代シークエンシング(NGS)と呼ばれる新しいDNAシークエンシング技術の開発により、ゲノムシークエンシングのコストと時間が劇的に減少した。現在、publicデータベースの原核生物ゲノム配列数は約7万に達している(論文執筆時点)。大規模ゲノムデ…

再現性のあるメタゲノム解析を行うためのモジュール設計された自動パイプライン Sunbeam

2019 6/26 誤字修正 メタゲノミックショットガンシークエンシングは、関心のある微生物混合群からDNAを抽出し、無作為に抽出されたDNAをディープシーケンシングする。これは、特定の標的遺伝子領域が増幅およびシーケンシングされるマーカー遺伝子シーケンシ…

ショートシーケンシングリードとアセンブリの評価ツール SQUAT

最近の次世代シークエンシング技術により低コストで提供される超高スループットは、特に非モデル生物の全ゲノムシークエンシングプロジェクトの急速な成長を引き起こした[ref.1、2]。広域分類群のための大規模ゲノムプロジェクト、例えば脊椎動物種のためのG…

メタゲノムのコンタミ除去やメタゲノムのサンプル間比較を行って結果を視覚化する Recentrifuge

2019 4/21 タイトル追加 2019 4/21 オーサーのJose Manuel Martíさんのコメント追加 2019 4/23 タイトル修正 2019 4/26 誤字修正 2019 dockerリンク追記 219 5/9 パラメータ追記 20206/13 ツイート追記 2020 6/14 condaインストール追記 メタゲノミクスによ…

サンプルのコンタミネーションを見積もる Mash Screen

2019 11/5 論文追加 シーケンシング技術がスループットを高めそしてコストを下げ続けるにつれて、シーケンシングされたゲノムのデータベース(例えばNCBI RefSeq [ref.1])は指数関数的成長を続け、それらに対する検索をさらに複雑にしている[ref.2、3]。さ…

KrakenUniq

2019 1/17 エラー修正 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短いワードの正確な一…

バクテリアシーケンシングデータの種間、種内汚染を検出する ConFindr

ConFindrはバクテリア種間およびバクテリア種内のNGSデータの汚染を検出できるパイプライン。かなり良い感受性で実行でき、 2つのサンプルを混ぜ合わせ、それらの間にわずか500のSNP(> 99.9%同一!)がある場合でも同定することができる。これにより、NGS…

lambda phageコントロールをONTなどのfastqから除く NanoLyse

支配的なsynthesis technology によるシーケンシングは、固定リード長の(50-300bp)の高精度(エラー率<1%)なシーケンシングとして特徴付けられる(Goodwin et al、2016)。対照的に、Oxford Nanopore Technologies(ONT)およびPacific Biosciencesのロ…

RNA seqシーケンシングデータの包括的な前処理ツール FastqPuri

2018 12/3 図差し替え 2019 6/18 condaインストール追記 2019 6/21 コマンド追記 2019 10/23引用追記 2020 1/7 インストール追記 RNA-seq実験から正確な結果を得るには、前処理ステップでのクオリティチェック(QC)とシーケンスデータのフィルタリングが重…

複数のBinnngツール結果を比較してbinning精度を上げる Binning_refiner

ハイスループットショットガンシーケンシングは、未知の微生物群集を研究する強力な方法を提供する(Eloe-Fadrosh et al、2016)。メタゲノミクスショットガンシーケンシングからゲノムビニングと呼ばれるプロセスによって完全または部分的な微生物ゲノムを…

複数ゲノムへマッピングして、コンタミの可能性を探ったりフィルタリングを行う FastQ Screen

DNAシーケンシング解析では、通常、リードはただ1つのリファレンスゲノムにマッピングされる。 しかしながら、起源となるゲノムの確認を必要とする場合、複数のゲノムに対するマッピングが必要である。 複数のゲノムに対するマッピングは、汚染を検出するた…

バクテリアのシーケンシングデータ分析ツール GenomePeek

シーケンシングコストが低下するにつれて、バクテリアゲノムの配列が増加している。現在、NCBI(Benson et al、2009; Sayers et al、2009)、SEEDデータベース(Overbeek、Disz&Stevens、2004)には約15,000種類の原核生物ゲノムがあり、約75,000種類のアセ…

メタゲノムから抗生物質耐性情報を検出する NastyBugs

病原性細菌の薬剤耐性(Antimicrobial resistance: AMR)は、世界中の公衆衛生上の脅威となっている。最も重要なのは、近年数が増えている多剤耐性(MDR)菌である(論文より ref.1)。これらの病原体の周知の例には、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌(MRSA)…

データが同じサンプルに由来するかどうかをvariant callingから判定する BAM-matcher

特に、シーケンススループットの高いプロジェクトや施設(Koboldt et al。、2010)においては、ミスラベルやミックスアップはよくある問題である 。次世代シーケンシング(NGS)データを扱う場合、誤ったラベルのサンプルは誤ったデータ処理と分析につながり…

自動でコンタミネーションを除く ProDeGe

最近の技術的進歩によりハイスループット配列決定シーケンス解析が可能になり、難培養微生物のsingle amplified genomes(SAG; Rinke et al。、2013 ; Swan et al。、2013 )やメタゲノムのアセンブリおよびbinningが可能になった(GMGs; Cuvelierら、2010 ;…

メタゲノムを分類し、結果を可視化する Taxonomer

微生物集団のゲノム解析であるMetagenomicsは、環境と人体の微生物群集のプロファイリングを、これまでにない深みと幅で可能にする。その急速に拡大している用途は、自然環境や人工環境における微生物多様性の理解に革命をもたらしており、微生物の地域プロ…

メタゲノムアセンブリ結果を可視化してマニュアルビニングを助ける gbtools

ほとんどの環境微生物が難培養性であることを考えると、microbial ecologyの分野では、metagenomicsは全コミュニティの機能を調べる手段に由来していた(論文より Handelsman、2004; Kunin et al、2008; Teeling and Glockner、2012)。研究者は、微生物群全…

RNA-seqのクロスコンタミを検出する Croco

核酸試料間の汚染は、分子生物学における潜在的な問題として長く認識されてきた。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)による増幅や、そして最近ではハイスループット配列決定でのPCR増幅は、ソースにかかわらず、また非常に低レベルの混入した核酸でさえ、十分な範…

k-merを使ったリードフィルタリングを行う Cookiecutter

次世代シークエンシング技術は、より安価になり、ルーティンの分析に役立っている。アセンブリの前に未処理のリードから特定のシーケンスを抽出または削除することを必要とする多くのタスクがある。抽出された領域特異的なリード(例えば、mtDNAまたはrRNAか…

   シングルセルの汚染を検出する ACDC

シングルセルシーケンスの主な課題は、コンタミの可能性とその検出である[論文よりref.7]。標的ゲノムに属さない外来DNAは、複数の方法で試料に導入され得る。コンタミの原因には、全ゲノム増幅試薬が含まれる可能性すらあり得る[ref.8、9]。これらの障害を…

rRNAを除く SortMeRNA

2020 2/5 condaインストール追記 2020 6/16 コマンドが大きく変更したため更新 次世代シーケンシング(NGS)技術を生物群集から直接抽出したRNAに適用すると、コーディング型とノンコーディング型の両方のRNAを特徴づける断片が混在している。これらを区別し…

バーコードやアダプターをトリミングする AdapterRemoval v2

化石のようなサンプル(リンク)や昔の人の骨、歯から断片化したDNAを抽出してシーケンスシーケンスすることが増えており、それに伴ってアダプターに5'と3'両側が汚染されたシーケンスデータが増えてきている。AdapterRemoval は柔軟なパラメータセットを持…

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…