macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

benchmark

教育にも利用できる、何百ものバイオインフォマティクスツールが入った包括的コンテナ環境 ORCA

2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…

ONTのロングリードを自動でアセンブリして公開し、比較できるツール poreTally

ナノポアシークエンシングは、エラーが発生しやすいクオリティが一貫したロングリードを生成する第3世代のシークエンシング方法である。簡単に言うと、DNAまたはRNA鎖がタンパク質の細孔を通って引っ張られ、細孔を介して電気抵抗に影響を与えこれが記録され…

SPAdesとUnicyclerでlarge k-merを使う part2 (SPAdesのテスト)

127以上のk-merを使うために、SPAdesとUnicyclerをビルドし直した(リンク)。今回は、実際に127以上のk-mer値でアセンブリを行い、アセンブリ性能がどのように変化するか簡単にテストした結果を書く。 Real dataの傾向が知りたいので、GAGE-BのMiseqでシー…

大きなk-merも使うde Bruijn graph のアセンブリツール SKESA

2019 4/12 dockerリンク追加 NGSデータを分析するためのシーケンスアライメント、アセンブリ、変異検出、またはそれらのいくつかの組み合わせは、通常、バイオインフォマティクスパイプラインの主要なモジュールである[論文より ref.1,2,3,4,5,6]。微生物ゲ…

review article要約 バクテリアのバリアントコール評価のベストプラクティス

Best practices for evaluating single nucleotide variant calling methods for microbial genomicsより https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4493402/ シークエンシング技術の革新により、生物学の研究者はbiologicalなシステムの理解を大幅に進…

NGSデータ解析マシンのスペックによるデータ解析時間の違い

あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。 NGSのデータ解析で時折聞かれるのが、解析マシンのスペックはどれくらいあれば十分かというような質問である。一般的にはメモリリッチで、I/Oが高速で、CPUのマルチスレッドに対応したマシン…