macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

NGS関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

benchmark

3990xの計算機でprokka を並列ランする(ベンチマーク)

2020 9/17 文章修正 3990x(64コア)のような多くのCPUコアが利用できるプロセッサを積んだ計算機を使いこなすには、高度に並列化された計算が欠かせない。しかし並列化は技術的に可能なケースと不可能なケースが存在する。並列化が捗りそうなHigh-Throughput…

Bwa-mem2

2020 7/19 benchmark追記、一部修正 Bwa-mem2はbwaのbwa-memアルゴリズムのネクストバージョンである。bwaと同じアラインメントを生成し、データセット、実行中のマシンに依存して~1.3~3.1倍高速になる。オリジナルのbwaはHeng Liによって開発された。bwa-…

コマンドの平均実行時間を計測するRustのコマンド hyperfine

2020 5/13 コマンド追記、タイトル修正 2020 6/27 タイトル再修正 hyperfineはRustのベンチマークツール。コマンドを自動で複数回実行し、結果をまとめてくれる。 インストール GIthub cargoで導入できる(cargo導入)。 cargo install hyperfine > hyperfin…

グラフィカルなリソース監視ツール Netdata

2020 5/8 説明追加 Netdata は、システムやアプリケーションのパフォーマンスをリアルタイムで監視する監視エージェントである。Netdata を使うと、非常にインタラクティブな Web ダッシュボードを使用して、実行中のシステム (Web サーバ、データベース、ア…

計算リソースを効率的に使って多数のよく似たバクテリアゲノムを素早く分析する自動化されたパイプライン Bactopia

2020 3/17 パラメータ追記、コマンド修正、タイトル修正 2020 3/18 追記 2020 5/11 説明追加 2020 8/13 論文追記 イルミナのテクノロジーを使用した細菌ゲノムのシーケンシングは、多くの場合、扱いやすい分析手法よりも速くデータが生成される手順になって…

GuppyのGPU版を使う

2020 7/23 モニターコマンド追記 タイトルの通り、GuppyのGPU版を使うまでの流れをまとめておきます。 ubuntuへのインストール 1、Nvidia GPU driverのインストール #レポジトリの追加sudo add-apt-repository ppa:graphics-drivers/ppa sudo apt update#NV…

ベンチマーク(2019)

2020 2/10 追記 2020 3/15 文章修正 2020 9/13 誤字修正 最近はZEN世代のCPUが高いパフォーマンスを出している。しかし、公開されている情報の多くはCPUの基礎的な特性を示すベンチマークだったり、ゲーミングや映像編集など需要が高い分野に限定されており…

教育にも利用できる、何百ものバイオインフォマティクスツールが入った包括的コンテナ環境 ORCA

2019 4/25 誤字修正 効果的なバイオインフォマティクス分析のための適切なプラットフォームを設定することは困難な場合がある。標準のソフトウェアパッケージをインストールするために必要な依存関係とバージョン要件を決定することは、分析を始める前の障壁…

ONTのロングリードを自動でアセンブリして公開し、比較できるツール poreTally

ナノポアシークエンシングは、エラーが発生しやすいクオリティが一貫したロングリードを生成する第3世代のシークエンシング方法である。簡単に言うと、DNAまたはRNA鎖がタンパク質の細孔を通って引っ張られ、細孔を介して電気抵抗に影響を与えこれが記録され…

SPAdesとUnicyclerでlarge k-merを使う part2 (SPAdesのテスト)

2019 12/8 誤字修正 127以上のk-merを使うために、SPAdesとUnicyclerをビルドし直した(リンク)。今回は、実際に127以上のk-mer値でアセンブリを行い、アセンブリ性能がどのように変化するか簡単にテストした結果を書く。 Real dataの傾向が知りたいので、G…

大きなk-merも使うde Bruijn graph のアセンブリツール SKESA

2019 4/12 dockerリンク追加 NGSデータを分析するためのシーケンスアライメント、アセンブリ、変異検出、またはそれらのいくつかの組み合わせは、通常、バイオインフォマティクスパイプラインの主要なモジュールである[論文より ref.1,2,3,4,5,6]。微生物ゲ…

review article要約 バクテリアのバリアントコール評価のベストプラクティス

Best practices for evaluating single nucleotide variant calling methods for microbial genomicsより https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4493402/ シークエンシング技術の革新により、生物学の研究者はbiologicalなシステムの理解を大幅に進…

NGSデータ解析マシンのスペックによるデータ解析時間の違い

あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いします。 NGSのデータ解析で時折聞かれるのが、解析マシンのスペックはどれくらいあれば十分かというような質問である。一般的にはメモリリッチで、I/Oが高速で、CPUのマルチスレッドに対応したマシン…